"Knights of Sidonia" ist ein Anime-Film, der auf dem gleichnamigen Manga von Tsutomu Nihei basiert. Die Handlung spielt in einer fernen Zukunft, in der die Menschheit nach der Zerstörung der Erde durch eine außerirdische Spezies, die Gauna, auf riesigen Raumschiffen überlebt. Eines dieser Schiffe ist die Sidonia, eine kolossale Raumstation, die als letzte Bastion der Menschheit dient. Die Sidonia ist mit fortschrittlicher Technologie ausgestattet, darunter biomechanische Waffen und genetisch modifizierte Menschen, die sich an die rauen Bedingungen des Weltraums angepasst haben.

Der Protagonist, Nagate Tanikaze, ist ein junger Mann, der sein gesamtes Leben in den unterirdischen Schichten der Sidonia verbracht hat. Als er an die Oberfläche gebracht wird, entdeckt man, dass er ein natürlicher Pilot für die Garde-Roboter, sogenannte Gardes, ist. Diese Roboter sind die primäre Verteidigungswaffe gegen die Gauna. Nagate wird in die Garde aufgenommen und muss sich schnell an das Leben an der Oberfläche und die Gefahren des Kampfes gegen die Gauna gewöhnen.

Die Sidonia wird regelmäßig von den Gauna angegriffen, die sich als äußerst widerstandsfähige und gefährliche Feinde erweisen. Nagate und seine Kameraden, darunter die erfahrene Pilotin Shizuka Hoshijiro und der mysteriöse Hybrid Izana Shinatose, müssen sich immer wieder den Bedrohungen stellen. Im Laufe der Geschichte werden die komplexen Beziehungen zwischen den Charakteren sowie die politischen und sozialen Strukturen der Sidonia näher beleuchtet. Es gibt Konflikte innerhalb der Gesellschaft, insbesondere zwischen den genetisch modifizierten Menschen und den "normalen" Bewohnern.

Ein zentrales Element der Handlung ist die Entdeckung, dass die Gauna möglicherweise nicht nur einfache Feinde sind, sondern eine tiefere Verbindung zur Menschheit haben könnten. Dies führt zu moralischen Dilemmata und Fragen über das Wesen der Feindschaft und des Überlebens. Die Sidonia steht vor der Herausforderung, nicht nur physisch, sondern auch ethisch zu überleben, während sie weiterhin durch den Weltraum reist und nach einer neuen Heimat sucht.

Der Film kombiniert Action, Science-Fiction und Drama, wobei die Charakterentwicklung und die zwischenmenschlichen Beziehungen im Vordergrund stehen. Die Handlung ist dicht und voller Wendungen, die die Zuschauer in eine komplexe und oft düstere Welt eintauchen lassen.