Nagate Tanikaze ist der Hauptprotagonist und die zentrale Figur der Geschichte. Er ist ein Klon des legendären Ass-Piloten Hiroki Saitou, obwohl er im Geheimen als Saitous Enkel in den tiefsten, isoliertesten Ebenen des Raumschiffs Sidonia aufgezogen wurde. Von Kindheit an trainierte er unermüdlich auf einem alten Garde-Simulator, ohne jemals mit jemandem außer seinem Großvater zu interagieren. Nach Hiroki Saitous Tod ist Nagate gezwungen, aus dem Untergrund aufzutauchen, und wird schnell in die Verteidigungskräfte von Sidonia eingezogen, wo er das Kommando über die legendäre Garde-Einheit Tsugumori übernimmt.

Sein Hintergrund macht ihn zutiefst schüchtern, naiv und ohne Allgemeinwissen über Sidonias Kultur und soziale Normen. Er ist oft still und unbeholfen im Umgang mit anderen, besonders weil er ein reiner Mensch ist, der sich keiner genetischen Modifikation für Photosynthese unterzogen hat, wie die meisten Sidonianer, was bedeutet, dass er mehrmals täglich essen muss, anstatt sich auf Licht zu verlassen. Trotz seines introvertierten Verhaltens besitzt Nagate ein starkes Pflichtbewusstsein und einen tiefen, unerschütterlichen Wunsch, Sidonia und seine Bewohner zu beschützen – eine Motivation, die er vom heldenhaften Erbe seines Großvaters geerbt hat. Er wird nicht von Ehrgeiz oder Ruhm getrieben, sondern von einem einfachen, aufrichtigen Wunsch, der ihm auferlegten Verantwortung gerecht zu werden.

Im Verlauf der Serie entwickelt sich Nagate von einem isolierten Außenseiter zu Sidonias furchtbarstem Piloten und einem Symbol der Hoffnung für die Menschheit. Seine wichtigsten Beziehungen prägen diese Reise: Er entwickelt eine tiefe Verbindung zu Shizuka Hoshijiro, einer Pilotenkollegin, die seine engste Begleiterin und Liebesinteresse wird; er schließt eine loyale Freundschaft mit der teil-Gauna-Hybridin Tsumugi Shiraui; und er sieht sich bitterer Rivalität und Feindseligkeit von Norio Kunato gegenüber, dem ehemaligen Top-Ass, der Nagate als Bedrohung ansieht. Die Enthüllung seiner konstruierten Herkunft als Klon zwingt Nagate, sich Fragen der Identität und des Zwecks zu stellen, aber letztendlich akzeptiert er seine Rolle als Nachfolger des Willens seines Großvaters.

Nagates bemerkenswerte Fähigkeiten konzentrieren sich auf seine außergewöhnliche Fertigkeit als Garde-Pilot. Sein intensives, einsames Training unter Hiroki Saitou verlieh ihm hervorragende Reflexe, räumliches Bewusstsein und Kampfinstinkte, die es ihm ermöglichen, die ältere, anspruchsvollere Tsugumori mit außergewöhnlicher Präzision zu steuern. Er ist bekannt für seine Ruhe unter Druck und seine Fähigkeit, innovative Taktiken im Kampf gegen die Gauna auszuführen, wobei er oft den Verlauf von Gefechten wendet, die aussichtslos schienen. Später fliegt er maßgeschneiderte Gardes, die speziell für seine Fähigkeiten entwickelt wurden, und seine Kampfbilanz macht ihn zum Ass der Verteidigungskräfte von Sidonia, wobei er wiederholt die Führung übernimmt, um Gauna-Kerne zu zerstören und das Schiff vor der Vernichtung zu schützen.