Die Honoka-Schwestern, im Kontext des Anime Knights of Sidonia: Battle for Planet Nine oft als Honoka-Serie bezeichnet, sind eine Gruppe nahezu identischer Klon-Pilotinnen. Sie wurden von Doktor Yure Shinatose im Rahmen eines menschlichen Klonprojekts erschaffen, das speziell darauf ausgelegt war, Kampfpersonal für den anhaltenden Krieg gegen die außerirdischen Gauna zu produzieren. Aufgrund dieses künstlichen Ursprungs werden die Schwestern in beschleunigten Wachstumstanks mit künstlicher Fruchtblasenflüssigkeit aufgezogen, sodass sie zum Zeitpunkt ihrer Einführung trotz der Körper junger Erwachsener erst fünf Jahre alt sind.

Was die Persönlichkeit betrifft, zeigen die Schwestern trotz gleichen Aussehens unterschiedliche individuelle Merkmale. Honoka En und Honoka Ren sind die am stärksten hervorgehobenen Mitglieder der Serie. En zeigt eine tsundere-artige Persönlichkeit, reagiert oft körperlich und defensiv in sozialen Situationen, etwa wenn sie dem Protagonisten Nagate Tanikaze einen Ellbogenstich versetzt, weil er versehentlich in ihre Privatsphäre eindringt. Trotz dieser Fassade entwickelt sie ein klares romantisches Interesse an Nagate, das sich als Eifersucht äußert, wenn sie ihn mit Tsumugi Shiraui sieht. Ren hingegen ist kontaktfreudiger und sozial gewandter, hat eine höhere Affinität zu anderen und ist eher bereit, Gespräche zu führen. Sie ist bekannt für ihre kühnen und temperamentvollen Aktionen, wie das Betreten eines Duschbereichs trotz Warnungen vor einem Monster. Sowohl En als auch Ren hegen eine gegenseitige Schwärmerei für Nagate, obwohl keine von ihnen der primäre Fokus der romantischen Erzählung ist.

Die Hauptmotivation der Honoka-Schwestern ist ihr konstruierter Zweck. Sie geben explizit an, dass sie geboren wurden, um gegen die Gauna zu kämpfen. Dieses Pflichtgefühl treibt sie an, als Garde-Pilotinnen für die Sidonia zu dienen. Ihre Rolle in der Geschichte ist die von unterstützenden Kämpferinnen. Sie sind hochqualifizierte Soldatinnen, die die Reihen der Verteidigungskräfte der Sidonia füllen und oft im Hintergrund von Kampfszenen oder als Teil des größeren Pilotenkaders auftauchen. Der Kampf ist zentral für ihre Identität, und sie werden bis zu einem gewissen Grad als entbehrliche Ressourcen behandelt, wobei ihre körperlichen Fähigkeiten und ihr Training für die Kriegsführung optimiert sind.

Wichtige Beziehungen innerhalb der Gruppe sind aufgrund ihrer gemeinsamen Herkunft komplex. Es gibt eine klare Bindung zwischen En und Ren, die oft gemeinsam auftreten und als Vertraute füreinander fungieren. Sie kümmern sich auch um ihre jüngere Schwester Honoka Shou und werden sehr aufgeregt, wenn diese in Gefahr ist. Ihre Beziehung zu Nagate Tanikaze ist bedeutsam, da er einer der wenigen Außenstehenden ist, mit denen sie regelmäßig interagieren. Anfangs gibt es Konflikte aufgrund von Missverständnissen durch versehentliche Eindringlinge, aber dies entwickelt sich schließlich zu gegenseitigem Respekt und einer unausgesprochenen Zuneigung der Schwestern ihm gegenüber.

Die Charakterentwicklung der einzelnen Schwestern variiert. En beginnt als hochqualifizierte, aber komatöse Pilotin, nachdem sie im Kampf schwere Verletzungen erlitten hat. Nachdem sie das Bewusstsein wiedererlangt, kämpft sie mit Schuldgefühlen wegen ihrer Verletzungen und einem Hunger, der aus ihrer langen Bewusstlosigkeit resultiert. Ihre Interaktionen mit Nagate wechseln langsam von gewaltsamer Vergeltung zu Schüchternheit und schließlich zu romantischer Sehnsucht. Ren bleibt eine konstante Unterstützungsfigur, aber ihre Gelassenheit wird merklich erschüttert, als sie Gefühle für Nagate entwickelt, was zu Momenten der Ablenkung und Melancholie führt. Tragischerweise werden andere Schwestern wie Honoka Hou im Kampf getötet, was die tödliche Realität ihrer Existenz demonstriert. Honoka Shou erleidet ein besonders schreckliches Schicksal, da sie von einer Gauna absorbiert wird. Ihr Körper wird von dem Alien so perfekt nachgebildet, dass es ihre Erinnerungen und Persönlichkeit behält, was die Besatzung zwingt, sich einem Doppelgänger zu stellen, der sich schließlich selbst zerstört, als er seine wahre Natur erkennt.

Die Honoka-Schwestern besitzen bemerkenswerte Fähigkeiten, die weit über die eines normalen Menschen hinausgehen. Dank ihrer genetischen Manipulation haben sie außergewöhnliche allgemeine körperliche Fähigkeiten. Sie können Dutzende Meter mit einem einzigen Sprung zurücklegen, Stöße überstehen, die für andere tödlich wären, und besitzen übermenschliche Stärke, wie gezeigt wird, als eine Schwester einen Kotatsu (einen beheizten Tisch) Hunderte von Metern weit tritt. Diese körperliche Leistungsfähigkeit macht sie zu Elite-Garde-Pilotinnen, und ihre Fähigkeiten spiegeln sich in hohen Platzierungen in Pilotensimulatoren wider, wo sie häufig die Spitzenpositionen belegen. Ihre körperliche Widerstandsfähigkeit ist so groß, dass Nagate, der Heilkräfte besitzt, anmerkt, dass eine normale Person an den Schlägen gestorben wäre, die er von ihnen erhält. Ihr Hauptzweck bleibt der Kampf, und sie repräsentieren den Höhepunkt des biotechnisch konstruierten Soldatenprogramms der Sidonia.