Kaoru Tōno ist ein Oberschüler mit kurzem, leicht zerzaustem dunklem Haar und großen, ausdrucksstarken Augen, die häufig Nachdenklichkeit, Traurigkeit oder stille Entschlossenheit verraten. Seine zurückhaltende Art rührt von der emotionalen Last her, die der Tod seiner jüngeren Schwester Karen ihm auferlegt. Kaoru fühlt sich für diese Tragödie verantwortlich, da Karen bei einem Unfall starb, als sie versuchte, einen Nashornkäfer zu fangen, um sich nach einem Streit mit ihm zu versöhnen. Dieses tiefe Schuldgefühl prägt sein Handeln und seine Motivationen, verschlimmert durch den anschließenden Alkoholismus und emotionalen Missbrauch seines Vaters – der Kaoru für Karens Tod verantwortlich macht und von ihm verlangt, sie zurückzubringen, selbst um den Preis seines Lebens. Diese Erfahrungen veranlassen Kaoru, sich von anderen zu distanzieren und seinem Trauma nicht zu stellen.
Er entdeckt den Urashima-Tunnel, eine urbanen Legende nach Wünsche auf Kosten von Zeit erfüllen soll, wobei drei Sekunden im Tunnel zwei Stunden in der Außenwelt entsprechen. Anfangs sieht Kaoru den Tunnel als Möglichkeit, Karens Tod rückgängig zu machen, und holt bei frühen Erkundungen einen von Karens Pantoffeln und seinen verstorbenen Wellensittich zurück. Dies bestätigt die Fähigkeit des Tunnels, verlorene Gegenstände wiederherzustellen, und gibt ihm erste Erfahrungen mit seiner zeitlichen Verzerrung. Als die Transferstudentin Anzu Hanashiro, die eigene Motive hat, von dem Tunnel erfährt, bilden sie eine pragmatische "Vereinte Front". Ihre Dynamik entwickelt sich von gegenseitigem Nutzen zu einer echten Verbindung, insbesondere da Anzus offene Ehrlichkeit Kaorus selbstauferlegte Isolation herausfordert. Während ihrer Untersuchungen offenbart Kaoru seinen Wunsch, Karens Tod ungeschehen zu machen, während Anzu ihren Wunsch nach künstlerischem Talent teilt. Gemeinsame Erlebnisse, darunter ein Besuch im Aquarium und ein Sommerfest, vertiefen ihre Bindung, obwohl Kaoru Schwierigkeiten hat, seine Gefühle offen auszudrücken.
Ein entscheidender Moment tritt ein, als Kaoru und Anzu einen zeitlich begrenzten Ausflug in den Tunnel unternehmen, mit dem Ziel von 108 Sekunden im Inneren (entsprechend drei Tagen draußen). Sie überschreiten diese Dauer und kommen Stunden später wieder heraus. Kurz darauf betritt Kaoru den Tunnel allein und bleibt in einer konstruierten Realität gefangen, in der Karen lebt. Diese Illusion spiegelt sein tiefstes Verlangen wider, isoliert ihn aber von der realen Welt. Mit der Zeit erhält er Nachrichten von außen – eine Unmöglichkeit, die ihn zwingt, die wahre Natur des Tunnels zu erkennen: Er kann keine Wünsche erfüllen, sondern nur Verlorenes zurückbringen. Mit Ermutigung der illusorischen Karen, die ihm versichert, dass sie sein Glück will, erkennt Kaoru, dass sein Wunsch, bei Anzu zu sein, stärker ist als sein Bedürfnis, die Vergangenheit zu ändern. Diese Akzeptanz ermöglicht es ihm, nach 13 Jahren und 102 Tagen subjektiver Zeit zu entkommen, obwohl extern nur acht Jahre vergehen.
Nach dem Verlassen des Tunnels trifft Kaoru wieder auf Anzu, die inzwischen eine erwachsene Manga-Zeichnerin ist. Ihr Wiedersehen, einschließlich eines gemeinsamen Kusses, symbolisiert Kaorus emotionale Reife: Er wandelt sich von einem von Schuld und Vergangenheit Verzehrten zu jemandem, der eine Zukunft annimmt, die von menschlicher Verbindung statt ungelöster Trauer geprägt ist. Seine Reise spiegelt den Wandel wider, den Tunnel nicht mehr zur Wunscherfüllung zu nutzen, sondern die Gegenwart und die durch gemeinsamen Schmerz und Heilung geschmiedeten Beziehungen wertzuschätzen.