Makoto Nanaya ist eine tierartige Bestienkin vom Typ Eichhörnchen und eine Nebenfigur in BlazBlue: Alter Memory. Sie wurde in der 11. Hierarchiestadt Shinatsu geboren und besuchte später die Militärakademie, wo sie Klassenkameradin und enge Freundin von Tsubaki Yayoi, Carl Clover, Noel Vermillion und Jin Kisaragi wurde. Als Bestienkin erlebte sie in ihren frühen Tagen an der Akademie Diskriminierung und Mobbing, doch die Unterstützung ihrer Zimmergenossinnen Noel und Tsubaki half ihr, diese Härten zu überwinden. Sie ist äußerst energiegeladen, aufgeschlossen und abenteuerlustig, handelt oft impulsiv mit einer kurzen Aufmerksamkeitsspanne, kann aber unerwartet listig und einfallsreich sein, wenn die Situation es erfordert. Trotz gelegentlicher Unsicherheiten bezüglich ihrer Rasse ist sie stolz auf ihre Identität und weigert sich, von anderen darauf reduziert zu werden.

Makoto besitzt außergewöhnliche körperliche Fähigkeiten, darunter unmenschliche Reflexe und enorme Stärke, die es ihr ermöglichen, mächtige Schläge auszuteilen, die Einschlagkrater erzeugen können, und sogar einen Faustabdruck auf dem Mond zu hinterlassen, wenn sie ihre volle Kraft entfesselt. Ihr Kampfstil dreht sich um den Nahkampf, wobei sie eine Drive-Fähigkeit namens Impact einsetzt, die Energie in ihren Fäusten auflädt, um verheerende Schläge zu landen. Sie führt auch Tonfas und integriert ihren Schwanz in ihre Bewegungen während des Kampfes. Außerhalb des Kampfes spielt sie gerne Lacrosse und hat eine Vorliebe für All-you-can-eat-Mahlzeiten und Kastanienparfaits.

In der Geschichte von BlazBlue: Alter Memory arbeitet Makoto für die Geheimdienstabteilung des Novus Orbis Librariums zusammen mit Hazama, ist aber heimlich eine Spionin für die regierungsfeindliche Organisation Sector Seven. Ihre doppelten Loyalitäten bringen sie in eine prekäre Lage, da sie Informationen sammeln muss, während sie ihre Tarnung aufrechterhält. Ihre Motivationen werden von einem starken Gerechtigkeitssinn und ihrer Loyalität gegenüber ihren Freunden, insbesondere Noel und Tsubaki, angetrieben. Als sie die Wahrheit über die dunkleren Machenschaften des NOL und den Fluch erfährt, der Tsubaki betrifft, entscheidet sie sich im wahren Ende, vom NOL zu desertieren, und flieht zusammen mit Noel und dem Cyborg-Soldaten Iron Tager, um diejenigen zu schützen, die ihr am Herzen liegen.

Zu Makotos wichtigsten Beziehungen gehören ihre tiefe Freundschaft mit Noel, die sie wie eine Schwester behandelt, und ihre Sorge um Tsubaki, als diese unter den Fluch der Imperatorin fällt. Sie pflegt auch eine komplizierte berufliche Beziehung zu Hazama, dem sie aufgrund seiner manipulativen Art misstraut. Ihre Bindung zur leitenden Wissenschaftlerin von Sector Seven, Kokonoe, und deren Untergebenem Tager wächst im Laufe der Zeit, was sie dazu bringt, sich deren Sache anzuschließen. Im Laufe ihres Handlungsbogens entwickelt sich Makoto von einer unbeschwerten Akademiestudentin zu einer mutigen Agentin, die bereit ist, ihre Sicherheit zu riskieren und ihre Position aufzugeben, um für Gerechtigkeit und ihre Freunde zu kämpfen.