Arata ist der gemeinsame Name der beiden zentralen Protagonisten dieser Erzählung, eines Jungen aus einer Fantasiewelt und eines Jungen aus dem modernen Japan, deren Schicksale sich verflechten, als sie auf magische Weise die Plätze tauschen. Der Arata aus der Welt von Amawakuni ist ein fünfzehnjähriges Mitglied des Hime-Clans, einer matriarchalischen Familie, die für die Stellung der Prinzessin verantwortlich ist, die das Gleichgewicht in der Welt aufrechterhält. Da in den Clan keine Mädchen geboren wurden, wurde er von seiner Großmutter gezwungen, sich als Mädchen zu verkleiden, um die Rolle der Nachfolgerin der Prinzessin zu übernehmen. Während der Thronfolgezeremonie wird er Zeuge der Ermordung der derzeitigen Prinzessin, Kikuri-hime, und wird anschließend von den Zwölf Shinshou, den persönlichen Wachen der Prinzessin, des Mordes beschuldigt, was ihn zur Flucht um sein Leben zwingt. Auf seiner Flucht betritt er einen mystischen Wald und wird mit seinem Gegenstück vertauscht.

Dieser Arata wird als ein aufgeschlossener, energiegeladener junger Mann charakterisiert, der sich leicht langweilt. Er ist forsch, jungenhaft und gutherzig, besitzt einen starken Gerechtigkeitssinn und die für einen Shonen-Helden typische körperliche Stärke. Im Gegensatz dazu ist Arata Hinohara ein schüchterner, ruhiger und zutiefst unsicherer Oberschüler im ersten Jahr, dem es an Selbstvertrauen mangelt. Er wird von intensivem Mobbing aus seiner Mittelschulzeit heimgesucht, das ihn dazu gebracht hat, entschlossen zu sein, in seiner neuen Schule nicht aufzufallen oder Aufmerksamkeit zu erregen, trotz seiner natürlichen sportlichen Fähigkeiten. Als der Mobber aus seiner Vergangenheit, Kadowaki, an seine Oberschule wechselt und beginnt, ihn erneut zu quälen, was dazu führt, dass seine neuen Freunde ihn verlassen, wird Hinohara verbittert und zynisch und wünscht sich letztendlich, von der Welt verschwinden zu können. In diesem Moment der Verzweiflung wird er in die Welt des anderen Arata gezogen.

Die Hauptmotivation für den Arata aus der Fantasiewelt ist das Überleben, da er zu Unrecht des Mordes beschuldigt und von den mächtigen Zwölf Shinshou gejagt wird. Für Hinohara besteht die anfängliche Motivation einfach darin, einen Weg zurück in seine eigene Welt zu finden. Als er jedoch in Amawakuni ankommt und für den anderen Arata gehalten wird, wird ihm ein heiliger Hayagami anvertraut, ein Schwertgott namens Tsukuyo, und er nimmt den sterbenden Wunsch der wahren Prinzessin an, die Ordnung wiederherzustellen. Diese Aufgabe bringt ihn in direkten Konflikt mit den Zwölf Shinshou, die jeweils ihren eigenen mächtigen Hayagami besitzen. Seine Rolle in der Geschichte entwickelt sich von einem verängstigten, widerstrebenden Teilnehmer zu einem entschlossenen Helden, der kämpft, um andere zu beschützen und seine Pflicht zu erfüllen. Der Arata aus der Fantasiewelt findet sich derweil im modernen Japan wieder, nimmt die Identität des Oberschülers an, und seine Rolle besteht darin, sich in dieser unbekannten Welt und den Herausforderungen von Hinoharas Leben zurechtzufinden.

Wichtige Beziehungen treiben die Entwicklung beider Charaktere voran. Für Hinohara ist seine Beziehung zu Kotoha, einer Kindheitsfreundin des anderen Arata, entscheidend, da sie in der Fantasiewelt seine treue Begleiterin und Heilerin wird und ihr Glaube an ihm hilft zu wachsen. Seine antagonistische Beziehung zu Kadowaki, dem Mobber, der schließlich ebenfalls nach Amawakuni gelangt, zwingt ihn, sich seinen vergangenen Traumata und Unsicherheiten zu stellen. Der andere Arata geht in der modernen Welt eine bedeutende Bindung mit einem Mädchen namens Oribe ein, da er das Gefühl hat, dass diese Begegnung der eigentliche Grund ist, warum er dorthin gebracht wurde. Beide Aratas teilen auch eine einzigartige Verbindung zueinander, da ihre vertauschten Existenzen jeden dazu zwingen, sich selbst und ihre Welten aus einer neuen Perspektive zu sehen.

Die Entwicklung von Arata Hinohara steht im Mittelpunkt der Geschichte. Seine Zeit in der gefährlichen Welt von Amawakuni zwingt ihn, seine innere Stärke zu finden und sein Vertrauen in andere zu setzen. Anfangs ein Junge, der das Gefühl hat, dass sein Leben bedeutungslos ist, wächst er dahin, zu verstehen, dass sein Zweck darin besteht, diejenigen zu beschützen, die sich nicht selbst schützen können. Er lernt, sich selbst zu lieben, und schwört, dass sein Leben doch einen Wert hat. Dies ist eine bedeutende Reise von dem entmutigten, einsamen Jungen, der verschwinden wollte. Auch der Arata aus der Fantasiewelt durchläuft eine Veränderung, indem er sich an die Komplexität und die sozialen Dynamiken des modernen Oberschullebtens anpasst.

Beide Versionen von Arata besitzen bemerkenswerte Fähigkeiten. Hinohara war in seiner ursprünglichen Welt ein talentierter Leichtathlet mit beeindruckender Geschwindigkeit, obwohl er diese Fähigkeit zunächst verbirgt. In Amawakuni liegt seine Hauptkraft in seiner Rolle als Träger des Hayagami Tsukuyo, auch bekannt als der Herrscher der Sonne, einem urzeitlichen Schwertgott des Lichts und dem Ursprung aller anderen Hayagami. Durch Tsukuyo kann er mächtige Techniken wie Kisara, Raisenha und den ultimativen Angriff Sosei no Hinowa ausführen, der die Fähigkeit besitzt, andere Hayagami zu reinigen, die korrumpiert wurden. Der Arata aus der Fantasiewelt, obwohl er nicht auf die gleiche Weise einen Hayagami trägt, ist ein fähiges und athletisches Individuum, das seinen Verstand und seine körperliche Stärke einsetzt, um in der unbekannten modernen Umgebung zu überleben.