Mitsugai Amagi ist der Gründer und ehemalige CEO der Amagi Corporation, einem mächtigen Konglomerat. Er ist ein älterer Mann mit weißen Haaren, oft mit einem Stock und formeller Kleidung zu sehen, der fest an eine klare Trennung zwischen Arm und Reich glaubt. Seine treibende Motivation ist das Streben nach der Erschaffung perfekter künstlicher Menschen. Um diesen Traum zu verwirklichen, initiierte er das N.E.T.-Projekt, ein geheimes Vorhaben, das letztendlich zur Erschaffung monströser Wesen namens Player führte, die später in die Welt entkamen. Aus einem starken Verantwortungsgefühl für diese Katastrophe heraus startete Mitsugai dann das Z.E.T.-Projekt, um ein Wesen zu erschaffen, das die Player zerstören kann, in der Hoffnung, die Dinge wieder in Ordnung zu bringen. Seine Pläne wurden jedoch durch den Verrat eines Forschers namens Kanzaki, der das ursprüngliche Z.E.T.-Subjekt entführte, weiter durchkreuzt. Dies ließ Mitsugai nach unzähligen gescheiterten Versuchen, ein neues zu erschaffen, verbissen darauf aus sein, Z.E.T. zurückzuholen. Seine Persönlichkeit wird oft als dogmatisch, kalt und bereit beschrieben, alles zu tun, um seine Ziele zu erreichen, wobei er sogar seine eigene Familie als Werkzeuge für seinen größeren Zweck betrachtet. Als Patriarch der Amagi-Familie ist er der Großvater von Kouga Amagi, den er mit der Technologie des Unternehmens zum Helden Alphas heranzieht, und von Konoha Amagi. Sein Verhältnis zu seinem Sohn und Erben ist durch seine Priorisierung des Unternehmens angespannt. Nach der erneuten Zerstörung seines Labors durch die Player zeigt sich eine Veränderung in ihm. Er scheint weicher geworden zu sein und gibt dem Protagonisten Jin Kanzaki die Wahl, Z.E.T. zu werden oder als normaler Mensch zu leben, obwohl ungewiss bleibt, ob dies echt oder nur eine Fassade ist. Was die Fähigkeiten betrifft, ist Mitsugai kein direkter Kämpfer; seine Macht liegt in seinem immensen Reichtum, seiner Autorität als Unternehmensführer und seinem tiefen wissenschaftlichen Wissen in Genetik und der Erschaffung künstlichen Lebens. Er ist der Architekt sowohl des N.E.T.-Projekts als auch des Z.E.T.-Projekts, was ihn zum Ursprung der Hauptkonflikte der Geschichte macht. Im Laufe der Geschichte wandelt er sich von einem ehrgeizigen und rücksichtslosen Industriellen zu einem Mann, der von seinen Fehlern heimgesucht wird, und sucht letztendlich eine endgültige Lösung für das von ihm entfesselte Chaos.