Natsuno Yūki ist ein 15-jähriger Junge, der als einer der Hauptprotagonisten der Geschichte dient. Ursprünglich war er Stadtbewohner und zog widerwillig mit seinen Eltern in das ländliche Dorf Sotoba, als diese eine Veränderung der Umgebung suchten. Er verabscheut das Dorfleben zutiefst und sehnt sich danach, in die Stadt zurückzukehren, da er sich von der kleinstädtischen Atmosphäre erdrückt fühlt. Sein von seinem Vater vergebener Name erscheint ihm übermäßig feminin, und er hat einen komplizierten familiären Hintergrund – seine Eltern sind nicht legal verheiratet, und seine Familienregistrierung läuft unter dem Mädchennamen seiner Mutter, Koide, obwohl er öffentlich den Nachnamen seines Vaters, Yūki, verwendet.

Natsuno ist ruhig, hochintelligent und wirkt oft kalt und distanziert, besonders gegenüber Megumi Shimizu, einer Mitschülerin, die eine obsessive Schwärmerei für ihn entwickelt und ihn stalkt. Er findet sie selbstverliebt und kann ihre Anwesenheit nicht ertragen. Trotz dieser unnahbaren Fassade ist er aufrichtig freundlich und loyal gegenüber einem kleinen Kreis von Freunden, darunter Tohru Mutō, Kaori, Akira und Tohrus jüngere Geschwister. Er zeigt eine fürsorgliche Natur, wenn er bei denen ist, denen er vertraut.

Seine Motivationen verschieben sich im Laufe der Geschichte. Anfangs von dem Wunsch getrieben, das Dorf zu verlassen, wird er zunehmend in das Geheimnis hinter der Serie von Todesfällen hineingezogen, die Sotoba heimsucht. Nachdem er seltsame Vorkommnisse bemerkt und Nachforschungen angestellt hat, entdeckt er die Wahrheit über die Shiki – vampirähnliche Wesen, die die Dorfbewohner jagen. Sein bester Freund Tohru ist gezwungen, ihn in einen Shiki zu verwandeln, aber Natsuno wird zu einem seltenen „Werwolf“-Typ von Vampir, ähnlich wie Tatsumi, der Sonnenlicht widerstehen kann und nicht auf gewöhnliche Weise getötet werden kann. Anders als die meisten Shiki vermeidet Natsuno es, menschliches Blut zu trinken, was ihn schwächer macht als andere Werwolf-Typen, aber sein Gefühl der Menschlichkeit bewahrt. Er verbündet sich mit Dr. Toshio Ozaki, um sich dem Plan der Familie Kirishiki zu widersetzen, das gesamte Dorf in eine Gemeinschaft von Shiki zu verwandeln, selbst während Tohru Sunako Kirishiki treu bleibt.

Im Laufe der Geschichte entwickelt sich Natsuno von einem zynischen, apathischen Außenseiter zu einem entschlossenen und proaktiven Kämpfer. Seine Skepsis verwandelt sich in einen wilden Entschluss, sich den Schrecken um ihn herum zu stellen, und letztendlich wählt er, sich zu opfern. In der finalen Konfrontation packt er Tatsumi, zieht sie beide in eine tiefe Grube voller Leichen und zündet Dynamit, um sich und Tatsumi unter den Trümmern zu begraben. Seine Entwicklung spiegelt einen Kampf um Handlungsfähigkeit in einer von Dunkelheit überwältigten Welt wider, und seine Beziehungen – insbesondere die angespannte Freundschaft mit Tohru, die unerwünschte Aufmerksamkeit von Megumi und die Bindung zu Kaori und Akira – verankern seine emotionale Reise. Zu seinen bemerkenswerten Fähigkeiten gehören sein scharfer Verstand, sein Einfallsreichtum und, nach seiner Verwandlung, die übernatürliche Ausdauer und Sonnenlichttoleranz eines Werwolf-Typ-Shiki, obwohl seine Weigerung, Blut zu trinken, seine Stärke einschränkt.