"Shiki" ist eine Anime-Serie, die in dem abgelegenen Dorf Sotoba spielt, das von einer Reihe mysteriöser Todesfälle heimgesucht wird. Die Handlung beginnt mit dem plötzlichen Tod eines jungen Mädchens, Megumi Shimizu, das unter ungeklärten Umständen stirbt. Kurz darauf häufen sich weitere Todesfälle, die zunächst auf eine unbekannte Krankheit zurückgeführt werden. Der örtliche Arzt, Dr. Toshio Ozaki, untersucht die Fälle und stellt fest, dass die Toten seltsame Anzeichen aufweisen, wie zum Beispiel Blutarmut und ungewöhnliche Verletzungen am Hals.

Parallel dazu zieht eine wohlhabende Familie, die Kirishikis, in ein neu errichtetes Anwesen am Rande des Dorfes. Ihre Ankunft fällt zeitlich mit dem Ausbruch der mysteriösen Todesfälle zusammen, was bei einigen Dorfbewohnern Verdacht erregt. Der junge Natsuno Yuuki, der aus der Stadt in das Dorf gezogen ist, bemerkt seltsame Veränderungen in seinem Umfeld und wird zunehmend misstrauisch gegenüber den Kirishikis und ihren Anhängern.

Im Laufe der Serie wird enthüllt, dass die Kirishikis und ihre Gefolgschaft Vampire, oder "Shiki", sind, die das Dorf infiltriert haben, um sich von den Bewohnern zu ernähren. Die Shiki sind untote Wesen, die von einem mysteriösen Virus befallen sind, der sie dazu zwingt, menschliches Blut zu trinken, um zu überleben. Sie können jedoch nur nachts aktiv sein und sind anfällig für Sonnenlicht und traditionelle Methoden der Vampirbekämpfung, wie Pfähle durch das Herz.

Dr. Ozaki und Natsuno schließen sich zusammen, um gegen die Shiki vorzugehen, während die Dorfbewohner zunehmend in Panik geraten und sich in zwei Lager spalten: diejenigen, die die Shiki bekämpfen wollen, und diejenigen, die bereit sind, sich ihnen anzuschließen, um zu überleben. Die Serie erforscht die moralischen Dilemmata und die psychologischen Auswirkungen, die die Konfrontation mit den Shiki auf die Dorfbewohner hat, sowie die Grenzen zwischen Menschlichkeit und Monstrosität.

Die Handlung entwickelt sich zu einem brutalen Konflikt zwischen den Menschen und den Shiki, bei dem beide Seiten schwere Verluste erleiden. Die Serie endet mit einer düsteren und ambivalenten Auflösung, die die Komplexität der Charaktere und die Grauzonen zwischen Gut und Böse unterstreicht. "Shiki" ist bekannt für seine atmosphärische Erzählweise, die tiefgehende Charakterentwicklung und die Darstellung von Themen wie Isolation, Verzweiflung und die Natur des Bösen.