Momiji Fujimiya ist die zentrale Protagonistin des Anime Blue Seed. Sie ist ein junges Mädchen, das mit ihrer Mutter und Großmutter in der Stadt Izumo lebt, einem Ort, der tief mit der japanischen Mythologie verbunden ist. Geboren in eine Schrein-Familie, war sie stets regelmäßigen Reinigungsritualen unterzogen und hatte eine vage Ahnung von einem größeren Schicksal, das ihre Großmutter von ihr erwartete, doch sie selbst hält sich für eine völlig gewöhnliche Mittelschülerin. Ihre Welt wird auf den Kopf gestellt, als sie angegriffen und Kushinada genannt wird, ein Name, der sich auf eine alte Prinzessin bezieht, deren Blutlinie die Macht besitzt, mythologische Monster namens Aragami zu versiegeln. Diese erbliche Kraft, bekannt als der Kushinada-Puls, fließt durch ihre Adern und kann alle Aragami in einen ewigen Schlaf versetzen, wenn sie stirbt, was sie sowohl zum Schlüssel für das Überleben der Menschheit als auch zu einem Hauptziel der Zerstörung macht. Nach einer Konfrontation mit dem mächtigen Aragami namens Yamata no Orochi rettet Momiji einen Mann namens Mamoru Kusanagi, indem sie einen tödlichen Schlag abfängt, der für ihn bestimmt war. Dabei verschmilzt sie mit einer Mitama, einem Seelenfragment eines Aragami, das sich in ihrer Brust einnistet. Anstatt sie zu töten, verleiht ihr dies die Fähigkeit, die Anwesenheit anderer Aragami zu spüren, eine Fähigkeit, die sich für die geheime Regierungsorganisation namens Terrestrial Administration Center (TAC) als unschätzbar wertvoll erweist. Sie wird schließlich unter den Schutz der TAC gestellt und zieht nach Tokio, wo sie beschließt, sich ihrem Kampf anzuschließen. Momiji hat eine von Natur aus optimistische und heitere Einstellung zu sich selbst und der Menschheit im Allgemeinen. Sie neigt dazu, die positive Seite der Dinge zu sehen und besitzt einen starken Initiativegeist, obwohl sie in Bezug auf romantische Angelegenheiten sehr schüchtern wird. Ihre Persönlichkeit ist ein entscheidender Teil ihrer Entwicklung als Kushinada, da ihre Willensstärke notwendig ist, um zu verhindern, dass die Mitama in ihr die Kontrolle übernimmt. Ihre zentrale Motivation entwickelt sich von bloßem Überleben zu einer bewussten Entscheidung, ihr Schicksal anzunehmen und die Aragami zu bekämpfen, um die Welt zu schützen. Ihre Ankunft in Tokio setzt eine Reise in Gang, die sie zwingt, sich unsäglichen Schrecken zu stellen, eine Zwillingsschwester namens Kaede Kunikida zu entdecken, von deren Existenz sie nie wusste, und mit ihrem eigenen Schicksal als Opfer zu ringen. Die bedeutendste Beziehung in der Geschichte ist ihre komplizierte Bindung zu Mamoru Kusanagi. Er versucht zunächst, sie zu töten, um sich selbst von den Aragami zu befreien, überlegt es sich jedoch bald anders und widmet sich ihrem Schutz. Ihre Beziehung vertieft sich im Laufe der Serie, geprägt von gegenseitigem Necken und einem schließlichen romantischen Geständnis. Momiji entwickelt auch eine Verbindung zu Daitetsu Kunikida, dem Chef der TAC, der ihre Zwillingsschwester Kaede aufgezogen hat und nun entschlossen ist, Momiji mit Fürsorge zu behandeln, anstatt ihre Fähigkeiten auszubeuten, wie er es bei Kaede tat. Im Laufe der Serie wächst Momiji von einer verängstigten und verwirrten Schülerin zu jemandem, der ihrem Schicksal mit Mut entgegentreten kann. Ihre bemerkenswerte Fähigkeit ist ihr Kushinada-Erbe, das ihr die latente Macht verleiht, die Aragami-Bedrohung durch ihren Tod zu beenden. Die Mitama in ihrer Brust verleiht ihr eine aktive Fähigkeit, die Anwesenheit von Aragami in ihrer Umgebung zu erkennen und zu spüren. Sie trägt auch die als Kushinada-Puls bekannte Kraft in ihrem Blut, eine mysteriöse Macht aus dem Zeitalter der Legenden, die durch ihre Abstammung weitergegeben wird. Ihr Name bedeutet Ahorn und ruft die rote Farbe von Ahornblättern hervor.