"Blue Seed" ist eine Anime-Serie, die in einer Welt spielt, in der mythische Kreaturen, bekannt als Aragami, eine Bedrohung für die Menschheit darstellen. Die Handlung dreht sich um Momiji Fujimiya, ein junges Mädchen, das als Nachfahrin der Kushinada-Familie eine Schlüsselrolle im Kampf gegen die Aragami einnimmt. Die Kushinada sind eine alte Blutlinie, die die Fähigkeit besitzt, die Aragami zu kontrollieren oder zu vernichten. Momiji wird von der Terrestrial Administration Center (TAC), einer geheimen Regierungsorganisation, rekrutiert, die sich auf die Bekämpfung der Aragami spezialisiert hat.

Die Serie beginnt mit einem Angriff der Aragami auf Momijis Heimatstadt, bei dem ihre Familie getötet wird. Sie wird von Mamoru Kusanagi, einem Mitglied der TAC, gerettet, der sie in die Organisation bringt. Dort trifft sie auf weitere Mitglieder wie Kaede Matsunaga, eine toughe Kämpferin, und Daitetsu Kunikida, den Leiter der TAC. Zusammen arbeiten sie daran, die Aragami zu besiegen und die Welt vor ihrer Zerstörung zu bewahren.

Im Laufe der Serie wird enthüllt, dass Momiji nicht nur eine Kushinada ist, sondern auch eine Verbindung zu Susanoo, einem mächtigen Aragami, hat. Susanoo, der als einer der gefährlichsten Aragami gilt, spielt eine zentrale Rolle in der Handlung. Es stellt sich heraus, dass Momiji und Susanoo durch ein Schicksal miteinander verbunden sind, das ihre Handlungen und Entscheidungen beeinflusst. Die Serie erkundet die komplexe Beziehung zwischen Momiji und Susanoo, während sie gleichzeitig die Bedrohung durch die Aragami und die Bemühungen der TAC, sie zu bekämpfen, thematisiert.

Neben den Action- und Fantasy-Elementen enthält "Blue Seed" auch humorvolle und romantische Untertöne, insbesondere in der Beziehung zwischen Momiji und Mamoru. Die Serie kombiniert mythologische Elemente der japanischen Folklore mit modernen Science-Fiction-Aspekten, was zu einer einzigartigen Mischung aus Tradition und Innovation führt. Die Charakterentwicklung steht im Mittelpunkt, wobei Momijis Wachstum von einem unsicheren Mädchen zu einer selbstbewussten Kämpferin einen zentralen Aspekt der Handlung darstellt. Die Serie endet mit einem finalen Konflikt zwischen den Kräften des Guten und des Bösen, der das Schicksal der Welt entscheidet.