Mokuba Kaiba ist der jüngere Bruder von Seto Kaiba und fungiert als Vizepräsident von KaibaCorp. Während der fünften Staffel von Yu-Gi-Oh! Duel Monsters, die den Kaiba Grand Championship-Bogen und den Pharaoh's Memories-Bogen umfasst, bleibt Mokuba stets an der Seite seines Bruders. Er zeichnet sich durch seine unerschütterliche Loyalität und tiefe Hingabe zu Seto aus, den er bedingungslos liebt und unterstützt. Mokuba ist deutlich gutmütiger und naiver als sein älterer Bruder und neigt dazu, Yugi Mutou und seinen Freunden leichter zu vertrauen als in früheren Staffeln. Trotz seines jungen Alters zeigt er eine Reife, die über seine Jahre hinausgeht, und fungiert oft als Stimme der Vernunft, wenn Setos Stolz oder rücksichtsloser Ehrgeiz sein Urteilsvermögen zu trüben drohen. Mokuba scheut sich nicht, Seto zu hinterfragen, wenn er glaubt, dass sein Bruder einen Fehler macht, und zeigt damit, dass seine Loyalität ihn nicht daran hindert, unabhängig zu denken.

Mokubas Hauptmotivation ist es, seinen Bruder wieder lächeln zu sehen, da er sich an eine Zeit vor Setos Aufstieg zum ernsten und rücksichtslosen Chef von KaibaCorp erinnert, als sie sich in ihrer schwierigen Kindheit in einem Waisenhaus gegenseitig aufmuntern konnten. Er wird auch von dem Wunsch angetrieben, seinen Bruder und das Unternehmen zu beschützen, und bringt sich sogar selbst in Gefahr, um Setos Erfolg zu sichern. In Staffel fünf spielt Mokuba eine unterstützende Rolle während der Kaiba Grand Championship, dem Turnier, das Seto veranstaltet, um die Technologie von KaibaCorp zu präsentieren. Er hilft bei den Turnierabläufen und bleibt wachsam gegenüber der Sabotage, die von Zigfried von Schroder, einem ehemaligen Rivalen von Seto, der Rache sucht, orchestriert wird. Während des Pharaoh's Memories-Bogens unterstützt Mokuba weiterhin seinen Bruder, als sie in die Ereignisse rund um die altägyptische Vergangenheit und den Kampf gegen Yami Bakura verwickelt werden.

Mokubas wichtigste Beziehung ist die zu seinem Bruder Seto Kaiba. Er ist die einzige Person, der Seto konsequent Liebe und Zuneigung zeigt, und ihre Bindung ist der emotionale Anker für beide Charaktere. Mokuba erkennt das Gute in Seto, das andere oft übersehen, und seine Anwesenheit bringt die menschlicheren und positiven Züge seines Bruders zum Vorschein. Er entwickelt auch eine herzliche und vertrauensvolle Beziehung zu Yugi und seinen Freunden, eine bemerkenswerte Veränderung im Vergleich zu früheren Staffeln, in denen er ihnen gegenüber vorsichtiger war. Mokubas Intelligenz und technisches Wissen machen ihn zu einem wertvollen Aktivposten; er ist mit fortschrittlicher Technologie vertraut und kann während Duellen strategische Unterstützung leisten. Seine Rolle ist nicht die eines primären Duellanten, aber er duelliert gelegentlich und zeigt Kompetenz, wobei er Decks verwendet, die oft Pflanze-Typ Monster enthalten. Insgesamt ist Mokuba Kaiba in Staffel fünf ein reifer, loyaler und aufmerksamer junger Junge, der als engster Vertrauter, moralischer Kompass und vertrauenswürdigster Verbündeter seines Bruders dient.