Kotaro Kannagi ist ein Oberschüler, der erstmals in der Serie Code-E auftritt und auch in Mission-E eine Rolle spielt. Er ist ein Klassenkamerad der Protagonistin Chinami Ebihara und leitet als einziges Mitglied den Wissenschaftsforschungsclub der Schule, wo er oft vertieft in seine Arbeit anzutreffen ist. Seine hervorstechendste Eigenschaft ist, ein zerstreutes Genie zu sein, geprägt von einer tiefgreifenden intellektuellen Neugier, die ihn oft für die sozialen und emotionalen Feinheiten um ihn herum blind macht. Anfangs sind seine Motivationen rein wissenschaftlich. Nachdem er Chinami Ebiharas Fähigkeit, elektromagnetische Wellen auszusenden, beobachtet, konzentriert er sich intensiv darauf, dieses Phänomen zu studieren und zu verstehen, und fragt, ob er mit ihr ausgehen könne, rein im Namen der Forschung. Dieser singuläre Fokus prägt seine frühe Rolle und erzeugt narrative Spannung durch seine Ahnungslosigkeit gegenüber den Gefühlen anderer, insbesondere seiner Kindheitsfreundin Sonomi Kujo, die in ihn verliebt ist. Seine Rolle in Code-E ist zentral, da seine Handlungen Chinamis Kräfte ans Licht bringen und die grundlegenden Beziehungsdynamiken schaffen. In Mission-E wechselt seine Position zu der eines Nebencharakters, der sein wissenschaftliches Fachwissen einsetzt, um Chinami und der Organisation OZ zu helfen, während sie Konflikte mit anderen Typ-E-Nutzern bewältigen. Die Schlüsselbeziehung seines Lebens ist die zu Chinami, die sich von einer distanzierten wissenschaftlichen Untersuchung zu einer echten, herzlichen Bindung entwickelt. Ebenso ist seine Bindung zu Sonomi komplex, geprägt von ihrer unerwiderten Liebe zu ihm und der Eifersucht, die sie gegenüber Chinami empfindet, obwohl sie letztlich eine entscheidende Rolle dabei spielt, ihm zu helfen, seine eigenen Gefühle zu verstehen. Im Laufe der Geschichte durchläuft Kotaro eine deutliche Entwicklung. Er bewegt sich allmählich über seine enge wissenschaftliche Weltanschauung hinaus und erkennt und gesteht schließlich seine Liebe zu Chinami. Dieses emotionale Erwachen ermöglicht es ihm, seine intellektuellen Bestrebungen mit bedeutungsvollen persönlichen Beziehungen in Einklang zu bringen. Kotaro besitzt selbst keine übernatürlichen Fähigkeiten; seine primäre definierende Fähigkeit ist sein hoher Intellekt und sein Talent für Erfindungen und Problemlösungen, was ihn zu einem wertvollen wissenschaftlichen Aktivposten für die Gruppe macht.