Nagiko Houjou ist die Großmutter von Kuniko Houjou und die Anführerin der Organisation namens Metal Age. Sie ist eine ältere Frau mit langem, lilafarbenem Haar und grauen Augen. Ihr Hintergrund ist eng mit dem zentralen Konflikt der Geschichte verbunden, da sie sich als die erste CEO der Atlas Corporation und die ursprüngliche Architektin des Atlas-Projekts herausstellt. Sie sicherte sich die Finanzierung durch Sergei Talsian, um Atlas zu bauen, eine futuristische Stadt, die als Zufluchtsort für ihre Nachkommen dienen sollte.

Was die Persönlichkeit betrifft, ist Nagiko streng, zurückhaltend und legt großen Wert auf traditionelles Lernen. Sie misstraut dem Internet und zieht es vor, Wissen aus Büchern zu sammeln, was eine konservative und disziplinierte Weltanschauung widerspiegelt. Sie ist ernst und autoritär, was einen starken Kontrast zur rebellischeren Natur ihrer Enkelin darstellt. Ihre Motivationen sind in einem Gefühl von Verantwortung und langfristiger Planung verwurzelt. Sie glaubt an die Bedeutung von Bildung und Struktur und möchte, dass Kuniko die Führung von Metal Age erbt, obwohl Kuniko sich dieser Erwartung widersetzt.

Innerhalb der Geschichte dient Nagiko als Nebenfigur, deren vergangene Handlungen weitreichende Konsequenzen haben. Ihre Rolle wird entscheidend, als Kuniko entdeckt, dass Nagiko maßgeblich an der Erschaffung von Atlas beteiligt war. Nachdem Kuniko sie zur Rede stellt und keine Erklärung erhält, wird Nagiko vorübergehend aus Duomo, der Hochburg von Metal Age, verbannt. Später kehrt sie zurück, um Kuniko bei Verhandlungen mit Ryoko zu unterstützen und vorübergehende Unterkünfte für die Oberflächenbewohner in Atlas zu sichern, damit Metal Age einen Plan zur Verbrennung Tokios und zur Beseitigung der Daedalus-Bedrohung umsetzen kann.

Zu ihren wichtigsten Beziehungen gehört ihre Enkelin Kuniko, mit der sie eine angespannte, aber bedeutungsvolle Bindung teilt. Sie hat auch eine historische Verbindung zu Sergei Talsian, dem Finanzier des Atlas-Projekts. Im Laufe der Erzählung durchläuft Nagiko eine gewisse Entwicklung, von einer Position der Autorität und Geheimhaltung hin zu einer widerwilligen Zusammenarbeit und Unterstützung für Kunikos Bemühungen, selbst nachdem sie verbannt wurde. Ihre bemerkenswerten Fähigkeiten sind nicht übernatürlich oder kämpferisch; vielmehr liegt ihre Stärke in ihrer Intelligenz, Weitsicht und dem Einfluss, den sie als Gründerin von Atlas und Anführerin von Metal Age ausübt. Ihr tiefes Wissen über das Atlas-System und ihre Verbindungen erweisen sich in den späteren Phasen der Geschichte als entscheidend.