Miki Koishikawa ist die zentrale Protagonistin von Marmalade Boy. Sie ist eine lebhafte Oberschülerin, die die Toryo-Oberschule besucht und Mitglied des Tennis-Teams ist. Ihr Hintergrund ist geprägt von einer außergewöhnlichen familiären Umwälzung: Ihre Eltern geben nach der Rückkehr von einer Reise nach Hawaii bekannt, dass sie sich scheiden lassen und die Partner mit einem anderen Paar tauschen, das sie kennengelernt haben, den Matsuuras. Dies führt dazu, dass die beiden Familien zusammen in ein großes Haus ziehen, und Miki bekommt plötzlich einen Stiefbruder, Yuu Matsuura, einen Jungen in ihrem Alter. Früher in ihrem Leben, in der Mittelstufe, gestand sie ihrem Freund Ginta Suou ihre Gefühle, aber das Geständnis verlief schlecht und hinterließ sie mit gebrochenem Herzen, obwohl es ihr schließlich gelang, ihre Freundschaft wieder aufzubauen.

Was ihre Persönlichkeit betrifft, ist Miki fröhlich, freundlich, unterstützend, direkt und gutherzig, mit einer Neigung, ein mädchenhaftes Mädchen zu sein. Sie kann in ihrer Energie auch burschikos sein. Allerdings hat sie auch eine weniger selbstbewusste Seite: Sie ist oft unsicher, weinerlich, anhänglich und emotional von anderen abhängig. Sie neigt zu Eifersucht und kann jähzornig, leichtgläubig und stur sein. Ihre Gefühle sind sehr sichtbar, eine Eigenschaft, die Yuu später bewundert. Sie ist naiv und emotional und reagiert oft stark auf die Situationen um sie herum.

Ihre Hauptmotivation ist es, die komplizierte neue Familiendynamik zu bewältigen und ihre wachsenden Gefühle für Yuu zu verstehen. Sie fühlt sich zu ihm hingezogen, trotz seiner Neckereien und seiner coolen Art, und sie kämpft mit Selbstzweifeln, wenn sie andere schöne Mädchen in seiner Nähe sieht. Sie möchte geliebt und akzeptiert werden, und sie versucht, ihre Beziehungen zu ihren Freunden und ihrer Familie aufrechtzuerhalten, während sie ihre eigene Identität findet.

Mikis Rolle in der Geschichte ist die der Hauptblickwinkelfigur; die Serie folgt ihrer emotionalen und romantischen Reise, während sie sich mit der Patchworkfamilie, ihren ungelösten Gefühlen für Ginta, Yuus Ex-Freundin Arimi Suzuki und den vielen Missverständnissen, die entstehen, auseinandersetzt. Ihre Beziehungen sind zentral für die Handlung. Sie hat eine sehr enge Freundschaft mit Meiko Akizuki, ihrer besten Freundin, die sie durch ihre Probleme unterstützt. Ihre Beziehung zu Ginta entwickelt sich von einer Kinderschwärmerei zu einer soliden Freundschaft, obwohl sie kurzzeitig kompliziert wird, als Ginta und Arimi versuchen, einen Keil zwischen Miki und Yuu zu treiben. Mit Yuu beginnt die Beziehung mit Reibereien aufgrund seiner Neckereien und vertieft sich dann zu Liebe. Sie gestehen sich ihre Gefühle und beginnen, sich zu treffen, aber Distanz (Yuu studiert in New York), Unsicherheit und der falsche Glaube, Halbgeschwister zu sein, führen zu einer vorübergehenden Trennung. Schließlich finden sie wieder zusammen, entdecken, dass sie nicht verwandt sind, erhalten den Segen ihrer Eltern und heiraten am Ende der Serie.

Im Laufe der Geschichte entwickelt sich Miki von einem unsicheren und emotional abhängigen Mädchen zu jemandem, der selbstbewusster in seinen eigenen Gefühlen und Entscheidungen ist, obwohl sie emotional ausdrucksstark und fürsorglich bleibt. Bemerkenswerte Fähigkeiten sind ihre Sportlichkeit als Tennisspielerin, und sie arbeitet eine Reihe von Teilzeitjobs, zuerst in einer Eisdiele namens Bobson's und später in einem kleinen Dekorationsgeschäft. Ihre Fähigkeit, ihre Gefühle deutlich zu zeigen, wird als Stärke hervorgehoben, die im Kontrast zu Yuus zurückhaltenderer Natur steht und ihnen hilft, sich zu verbinden.