Kiyoko Madoka ist eine zentrale Figur im Anime Gilgamesh. Sie ist ungefähr siebzehn Jahre alt und wurde vor dem katastrophalen Terroranschlag Twin X geboren, einem Ereignis, das die Welt grundlegend veränderte und von ihrem Vater, Terumichi Madoka, verursacht wurde. Da sie vor diesem Ereignis geboren wurde, besitzt Kiyoko nicht die Fähigkeit, Dynamis einzusetzen, eine Form psychischer Kraft, die es bestimmten Personen ermöglicht, physische Objekte zu manipulieren und die sich bei den nach der Katastrophe Geborenen manifestiert. Ihr Aussehen ist das eines Teenager-Mädchens mit blauen Augen und brünettem Haar, das sie auf Brustlänge trägt.

Was ihre Persönlichkeit betrifft, so ist Kiyoko durch ihr tiefes Verantwortungsbewusstsein und ihre beschützende Art geprägt, insbesondere gegenüber ihrem jüngeren Bruder Tatsuya. Sie fungiert als Ersatzmutter für ihn, da ihre Mutter nach Twin X in einen Zustand der Depression und des Alkoholismus verfiel und die Geschwister weitgehend auf sich allein gestellt waren. Kiyoko ist sehr geräuschempfindlich und besitzt ein absolutes Gehör, das es ihr ermöglicht, jedes Geräusch der entsprechenden Musiknote zuzuordnen. Diese Fähigkeit hängt mit ihrer Liebe zur Musik zusammen, und ihr Vater brachte ihr das Klavierspielen bei, als sie sehr jung war. Eine Stimmgabel, die sie zu Beginn der Geschichte findet, wird zu einem wiederkehrenden Symbol, das mit ihr verbunden ist.

Kiyokos Hauptmotivation im Laufe der Serie ist es, ein friedliches und normales Leben mit ihrem Bruder zu führen, frei vom Schatten des verheerenden Erbes ihres Vaters und des Konflikts zwischen den verfeindeten Fraktionen Orga und Gilgamesh. Dieser Frieden bleibt jedoch aufgrund der immensen Schulden, die ihre Mutter hinterlassen hat, und des anhaltenden Krieges, in den sie und Tatsuya hineingezogen werden, unerreichbar. Ihre Rolle in der Geschichte ist größtenteils die eines Ankers für die Menschheit und eines Streitpunktes. Während ihr Bruder ein mächtiger Dynamis-Anwender ist, den die geheimnisvolle Gräfin von Werdenberg rekrutieren will, besitzt Kiyoko keine solchen Kräfte. Das macht sie sowohl verletzlich als auch entschlossen, da sie darum kämpft, Tatsuya davor zu schützen, manipuliert zu werden, und das Gefühl hat, dass die Gräfin versucht, ihn ihr wegzunehmen.

Ihre Beziehungen sind zentral für ihre Entwicklung. Die Bindung zu ihrem Bruder Tatsuya ist die wichtigste, auch wenn sie angespannt wird, als er seine Dynamis-Fähigkeiten annimmt, denen sie zunehmend misstraut und die sie abstoßend findet. Ihre Beziehung zur Gräfin ist antagonistisch; Kiyoko versucht zweimal, das Hotelhauptquartier der Gräfin zu verlassen. Beim ersten Mal wird sie gefasst und zur Strafe im unterirdischen Gefängnis des Hotels eingesperrt. Nach ihrem zweiten Versuch darf sie schließlich gehen, muss aber arbeiten, um ihre Schulden abzubezahlen. Nachdem ein Musikgeschäft, in dem sie als Klavierstimmerin arbeitete, schließt, wird sie Hostess in einem Club im Vergnügungsviertel der Stadt.

Eine bedeutende Entwicklung erfolgt durch ihre Beziehung zu Novem, einem der Gilgamesh. Nachdem sie ihn nach einem Kampf verwundet auffindet, nimmt sie ihn in ihre Wohnung auf und pflegt ihn, und die beiden verlieben sich. Diese Beziehung führt zu einer tiefgreifenden Veränderung, da Kiyoko mit seinem Kind schwanger wird. Dieses Kind, das Dynamis besitzt, wird als das erste einer neuen, kurzlebigen Spezies beschrieben. Obwohl Kiyoko selbst keine übernatürlichen Fähigkeiten hat, sind ihr absolutes Gehör und ihr musikalisches Talent ihre bemerkenswertesten Eigenschaften, und ihr Mitgefühl und ihr Wunsch nach einem normalen Leben führen sie letztendlich zu einem Schicksal, das eng mit dem übernatürlichen Konflikt verbunden ist, dem sie zu entkommen suchte.