Kiyoko Madoka ist eine zentrale Figur in der Gilgamesh-Erzählung, eine junge Frau, deren Leben von Verlust, wilder Beschützernatur und einer verzweifelten Sehnsucht nach Normalität in einer von Katastrophen zerrütteten Welt geprägt ist. Sie wurde vor dem katastrophalen Terroranschlag der Zwillinge X geboren, ist etwa siebzehn Jahre alt und besitzt daher nicht die Fähigkeit, die übernatürliche Energie namens Dynamis zu nutzen, eine Kraft, die sich bei den nach dem Ereignis Geborenen manifestiert.

Ihre Persönlichkeit wird durch die schwere Verantwortung geformt, die sie trägt. In Abwesenheit stabiler Eltern fungiert Kiyoko als Ersatzmutter für ihren jüngeren Bruder Tatsuya. Diese Rolle macht sie zutiefst misstrauisch und widerständig gegenüber dem Einfluss der Gräfin von Werdenberg, einer mächtigen und rätselhaften Figur, die ihnen Zuflucht bietet. Kiyoko sieht die Gräfin nicht als Wohltäterin, sondern als Rivalin, die versucht, ihren Bruder für sich zu gewinnen, was eine tiefsitzende Spannung erzeugt, die viele ihrer frühen Handlungen bestimmt. Ihre Kernmotivation ist es einfach, Frieden zu finden und ein ruhiges Leben mit Tatsuya zu führen – ein Traum, der ständig von den hinterlassenen Schulden ihrer verstorbenen Mutter und dem eskalierenden Konflikt zwischen den beiden gegnerischen Fraktionen, der ORGA-Organisation der Gräfin und den übermenschlichen Wesen namens Gilgamesh, vereitelt wird.

Kiyokos Rolle in der Geschichte ist die einer widerwilligen Gefangenen und einer erdenden menschlichen Präsenz. Sie wird häufig zwischen den verfeindeten Gruppen hin- und hergerissen und von beiden Seiten als Schachfigur betrachtet. Ihre Beziehung zu ihrem Bruder ist die bedeutendste; sie wird auf die Probe gestellt, als Tatsuya beginnt, seine Dynamis-Kräfte zu entwickeln und anzunehmen – ein Weg, der Kiyoko entsetzt und sich betrogen fühlen lässt, da sie seine Verwandlung als eine Annäherung an die Gräfin sieht, der sie misstraut. Ihre Verzweiflung nach Freiheit führt dazu, dass sie zweimal versucht, der Kontrolle der Gräfin zu entkommen. Der erste Versuch endet mit ihrer Gefangennahme und Bestrafung in einem unterirdischen Gefängnis. Beim zweiten Mal gelingt ihr die Flucht, aber sie ist gezwungen, eine Schuld bei der Gräfin abzuarbeiten, was sie zu einem harten Leben in einer feuchten Stadtwohnung führt, wo sie als Hostess in einem Herrenclub arbeitet, nachdem der Musikladen, in dem sie angestellt war, schließt.

Trotz ihrer scheinbar passiven Position durchläuft Kiyoko eine bedeutende Entwicklung. Sie ist nicht nur ein Opfer, sondern eine junge Frau, die eine tiefe, romantische Verbindung zu Novem, einem der Gilgamesh, eingeht. Diese Beziehung, aus Einsamkeit und Verzweiflung geboren, wird erwidert und führt dazu, dass sie mit seinem Kind schwanger wird – ein Ereignis mit enormen Konsequenzen. Diese Schwangerschaft und die Kreatur, die sie letztlich hervorbringt, verbinden ihr Schicksal direkt mit dem apokalyptischen Ende der Serie und verwandeln sie von einer Friedenssuchenden in den Behälter für eine neue und erschreckende Lebensform. Zu ihren bemerkenswerten Fähigkeiten gehört eine hochverfeinerte Empfindlichkeit für Klänge, die sie von ihrem Vater geerbt hat. Sie kann jede Musiknote nach Gehör identifizieren und wurde schon in jungen Jahren im Klavierspielen unterrichtet; sie hegt den Traum, Klavierstimmerin zu werden – ein Talent, das das friedliche, künstlerische Leben repräsentiert, nach dem sie sich sehnt, das sie aber nie erreichen kann.