Naota Nandaba ist der zwölfjährige Protagonist der ursprünglichen FLCL-Serie. Er lebt mit seinem verwitweten Vater und seinem Großvater in der scheinbar gewöhnlichen Stadt Mabase. Seine Mutter ist abwesend, und sein älterer Bruder Tasuku ist nach Amerika gegangen, um eine Karriere als Profi-Baseballspieler zu verfolgen. Naota verehrt Tasuku zutiefst und sieht ihn als das ultimative Symbol für Erwachsensein und Reife, im krassen Gegensatz zu den anderen Erwachsenen um ihn herum, die er für kindisch und unreif hält. Diese Bewunderung führt dazu, dass Naota Tasukus Baseballschläger überallhin mitnimmt, obwohl er ihn nie wirklich schwingt, und weiterhin Zeit mit Mamimi Samejima verbringt, der Ex-Freundin seines Bruders.

Naota ist besessen davon, reif und gelassen zu wirken, und projiziert oft eine Fassade der Gleichgültigkeit. Sein berühmtester wiederholter Satz: „Hier passiert nie etwas Aufregendes“, spiegelt seinen anfänglichen Wunsch nach einem vorhersehbaren, ereignislosen Leben wider, selbst als surreale Ereignisse um ihn herum beginnen. Er ist für sein Alter zynisch, leicht irritiert von Erwachsenen, die sich nicht ihrem Alter entsprechend verhalten, und hält sich meist für sich. Er mag keine Aufmerksamkeit und neigt zu einer negativen Einstellung. Doch unter dieser Fassade verbirgt sich ein echter Kampf mit dem Übergang von der Kindheit zur Adoleszenz, und seine inneren Konflikte werden oft in seinen Monologen ausgedrückt.

Sein Leben wird auf den Kopf gestellt, als er von Haruko Haruhara überfahren wird, einer chaotischen, außerirdischen Frau auf einer gelben Vespa. Nachdem sie ihn mit einer Art Wiederbelebung wiederbelebt hat, schlägt sie ihm mit ihrer Bassgitarre auf die Stirn. Dieser Schlag offenbart, dass Naota den „richtigen Kopf“ besitzt, was ihn zu einem natürlichen N.O.-Kanal macht. Diese Fähigkeit ermöglicht es, dass verschiedene Objekte, vor allem riesige Roboter der Firma Medical Mechanica, aus einem Portal in seiner Stirn erscheinen. Seine ikonische Gibson Flying V-Gitarre, die später von Haruko aus seinem Kopf gezogen wird, wird zu einem Werkzeug, um diese Kräfte zu kanalisieren, obwohl Naota selbst keine konventionellen Kampffähigkeiten besitzt.

Naotas Rolle in der Geschichte ist die eines widerwilligen Helden, der in die absurden und zerstörerischen Ereignisse verwickelt wird, die durch Harukos Suche nach dem legendären Wesen namens Atomsk verursacht werden. Anfangs widersteht er ihrer Anwesenheit und dem Chaos, das sie mit sich bringt, doch nach und nach wird er involviert und beginnt, sich seinen eigenen Gefühlen zu stellen. Seine Entwicklung wird durch seine Beziehungen zu den beiden wichtigsten weiblichen Figuren in seinem Leben katalysiert. Mamimi repräsentiert eine Verbindung zu seiner Kindheit und eine nostalgische Bindung zu seinem Bruder, während Haruko den verwirrenden und aufregenden Sog des Erwachsenseins und der romantischen Gefühle darstellt. Im Laufe der Serie lernt Naota, seine tieferen Gefühle anzuerkennen, was in der letzten Folge in einem Liebesgeständnis an Haruko gipfelt.

Am Ende der Serie verlassen sowohl Mamimi als auch Haruko Mabase und lassen Naota in einem Zustand unsicheren Übergangs zurück. Dies symbolisiert seinen Platz in der Adoleszenz, gefangen zwischen der Unschuld der Kindheit und den Verantwortungen des Erwachsenseins. Während seiner Reise wandelt er sich von einem zynischen, verschlossenen Jungen zu jemandem, der seine eigenen Verletzlichkeiten und die außergewöhnliche Natur seiner Welt akzeptieren kann. Sein Name, abgeleitet vom japanischen Wort für Ehrlichkeit, unterstreicht seinen Kampf, in einem sich schnell verändernden Leben authentisch zu sein.