Kapitän Nemo ist der rätselhafte und gebieterische Kapitän der Nautilus, eines hochmodernen U-Boots, das sowohl als Waffe als auch als Zufluchtsort im Kampf gegen die Neo-Atlantiden dient. Als Mann mittleren Alters, der wenig spricht, besitzt er ein ruhiges und schweigsames Wesen, das auf natürliche Weise Autorität ausstrahlt; seine Besatzung und Verbündeten deuten seine zurückhaltende Art oft als Zeichen immensen Charismas und unerschütterlicher Entschlossenheit. Er hat eine große, imposante Erscheinung, wird typischerweise in einer unverwechselbaren Uniform gesehen und ist selten ohne seinen markanten Schnurrbart anzutreffen. Trotz seines strengen und oft stoischen Gesichtsausdrucks ist er zu großer Wärme fähig, etwa wenn er als Reaktion auf die Freude des jungen Jean über das Sonnenlicht ein seltenes, freundliches Lächeln schenkt.

Seine wahre Identität ist Eleusis La Arwall, der rechtmäßige Erbe der alten und fortschrittlichen Zivilisation von Atlantis. Vor den Ereignissen der Serie war er der König von Tartessus, einem verborgenen Königreich in Zentralafrika, das die atlantische Kultur bewahrte. Seine Herrschaft war geprägt von einem bedeutenden ideologischen Konflikt mit seinem vertrauten Freund und Premierminister Gargoyle. Nemo, der die Ausbreitung der Menschheit über den Globus miterlebt hatte, glaubte, dass die verbliebenen Atlantiden eine friedliche Koexistenz mit der Menschheit anstreben sollten. Gargoyle hingegen versuchte, ihre überlegene Technologie zu nutzen, um die Welt zu unterwerfen. Dieser Konflikt gipfelte in einem verheerenden Putsch unter der Führung Gargoyles, bei dem Nemos Frau, die Königin, getötet und seine neugeborene Tochter verloren wurde. Nemo war gezwungen, mit einer Handvoll treuer Anhänger zu fliehen.

In einem verzweifelten Versuch, Gargoyle daran zu hindern, den Turm zu Babel, eine zerstörerische atlantische Waffe, einzusetzen, entfernte Nemo das kontrollierende Blaue Wasser, was dazu führte, dass der Turm außer Kontrolle geriet und das Königreich Tartessus vollständig zerstörte und in Trümmer legte. Dieses tragische Ereignis, für das er eine schwere Schuldlast trägt, wurde zum Auslöser seiner Mission. Er und seine überlebende Besatzung, darunter ein junges Waisenmädchen namens Electra, wandelten ein altes atlantisches Raumschiff in das U-Boot Nautilus um. Von diesem Schiff aus führt er einen einsamen Krieg gegen Gargoyle und dessen wiedergeborenes Neo-Atlantiden-Imperium, getrieben von dem Bedürfnis, für seine Vergangenheit zu büßen und deren Ambitionen auf Weltherrschaft zu stoppen. Er ist ein taktisches Genie, das die Nautilus in Schlachten gegen ganze feindliche Flotten befehligen und siegreich hervorgehen kann, ein Zeugnis sowohl für die Kraft seines Schiffs als auch für seine unerschütterliche Führung.

Wichtige Beziehungen prägen seinen Charakterbogen. Die tiefgreifendste ist seine Verbindung zu Nadia, einer jungen Zirkusartistin, von der er entdeckt, dass sie seine lang verschollene Tochter ist. Als er ihre Identität erfährt, offenbaren sein Schock und seine anschließenden Handlungen eine tiefe, väterliche Liebe und einen wiederholten Wunsch, sie zu beschützen. Er wird nicht nur für Nadia, sondern auch für den jungen Erfinder Jean, dessen Enthusiasmus und Genialität er zu respektieren lernt, zu einem Mentor und Vaterfigur. Seine Beziehung zu seinem älteren Sohn, dem Kaiser Neo, ist eine Tragödie, da das Kind von Gargoyle entführt, einer Gehirnwäsche unterzogen und als Marionettenherrscher eingesetzt wurde. Er teilt auch eine komplexe Bindung mit Electra, die er aus den Trümmern von Tartessus rettete und aufzog; sie dient ihm als treu ergebener Erster Offizier. Trotz seiner anfänglichen Kälte gewinnt er auch die romantische Zuneigung der ehemaligen Antagonistin Grandis Granva, obwohl sein Fokus auf seiner Mission bleibt.

Im Laufe der Geschichte durchläuft Nemo eine bedeutende Entwicklung. Er beginnt als mysteriöse und distanzierte Figur, motiviert durch eine geheime und traurige Vergangenheit. Im Verlauf der Serie schichtet die Enthüllung seiner Geschichte als König und Vater seiner Figur immenses Pathos und Bedauern auf. Seine kalte Fassade bröckelt allmählich, als er mit seiner Tochter interagiert, und zeigt einen Mann, der von Verlust belastet ist, aber zu tiefer Freundlichkeit und Opferbereitschaft fähig ist. In der finalen Konfrontation, nachdem er den Tod seines Sohnes miterlebt und Gargoyle besiegt gesehen hat, opfert Nemo sein eigenes Leben. Er überlastet die Reaktoren der Nautilus, um Nadia und ihren Freunden einen Fluchtweg aus dem zusammenbrechenden Roten Noah zu sprengen, und beendet sein Leben mit seinem Schiff als letzten Akt der Sühne für die Zerstörung seines Königreichs.

Kapitän Nemo besitzt mehrere bemerkenswerte Fähigkeiten, die über seine Fertigkeiten in der Marineführung und Taktik hinausgehen. Er ist ein brillanter Wissenschaftler und Ingenieur, der den Bau und die Wartung der Nautilus überwacht hat, die jede zeitgenössische Technologie übertrifft. Er ist auch ein begabter Musiker, der sich oft in seine Privatkabine zurückzieht, um eine eindringlich schöne Pfeifenorgel zu spielen, ein Musikstück, das Nadia unbewusst zu ihm zieht. Seine Entscheidungsfindung ist schonungslos pragmatisch, wie sich zeigt, als er gezwungen ist, einen Maschinenraum mit seinen eigenen Männern darin abzuriegeln, um zu verhindern, dass ein tödliches Gasleck die gesamte Besatzung tötet – ein Moment, der die schwere Last seines Kommandos zeigt. Seine Autorität ist so groß, dass die Besatzung der Nautilus, obwohl er es nicht mag, mit militärischen Titeln angesprochen zu werden, seinen Befehlen ohne Frage folgt und auf seine Weisheit und Entschlossenheit vertraut.