Misanagi ist die weibliche Anführerin, bekannt als Okashira, des Sanada-Ninja-Clans, einer Gruppe, die geschworen hat, das göttliche Elixier zu bewachen. Sie erscheint in der Anime-Adaption als Originalfigur, die im ursprünglichen Manga nicht vorkommt. Sie hat langes braunes Haar, das zu zwei Zöpfen auf jeder Seite ihres Kopfes frisiert ist, und trägt typischerweise Trauerkleidung oder während des Kampfes ein Ninja-Outfit. Ihre Motivationen wurzeln in ihrer Pflicht, das Elixier zu beschützen und die Traditionen ihres Clans aufrechtzuerhalten, was sie während einer Handlung, die sich um das Elixier dreht, in Konflikt mit Himura Kenshin und seinen Verbündeten bringt. Misanagi ist eine hochqualifizierte Ninja, die in der Lage ist, schwer bewachte Orte wie die Deutsche Botschaft unbemerkt zu infiltrieren. Sie ist auch eine Meisterin der Verkleidung, die ihr Aussehen so überzeugend verändern kann, dass sie sogar als männlicher Jäger durchgehen kann, und sie besitzt die Fähigkeit, Fledermäuse zu befehligen, die sie zur Überwachung oder im Kampf einsetzt. Obwohl ihre Hauptrolle die einer Antagonistin ist, werden ihre Handlungen eher von Loyalität als von persönlicher Bosheit angetrieben. Sie durchläuft in den Episoden, in denen sie auftritt, keine bedeutende Charakterentwicklung und bleibt auf ihre Mission fokussiert, bis der Konflikt gelöst ist. Ihre Beziehungen sind hauptsächlich durch ihre Position als Clan-Anführerin definiert, wobei über ihr Kommando über die Sanada-Ninja hinaus keine tiefen persönlichen Bindungen erforscht werden.