Bonobono ist die Hauptfigur der Geschichte und ein junger Seeotter, der mit seinem Vater in einem Haus am Meer lebt, am Rande eines ausgedehnten Waldes. Sein frühes Leben war von Verlust geprägt, da seine Mutter kurz nach seiner Geburt starb und er von seinem alleinerziehenden Vater aufgezogen wurde. Seinen Namen erhielt er von seinem Vater, inspiriert vom Geräusch eines ins Meer geworfenen Steins.

Vom Wesen her ist Bonobono am besten als unschuldig, sanft und warmherzig zu beschreiben. Er besitzt ein tief freundliches und ehrliches Gemüt, ist aber auch recht langsam von Begriff und hat eine auffallend vage Ausdrucksweise. Seine Handlungen sind oft bedächtig und gemächlich, und sein Denken ist einzigartig, was ihn unendlich neugierig auf die Welt um ihn herum macht. Diese Neugier ist die treibende Kraft hinter vielen seiner Abenteuer, da er ständig über einfache, aber tiefgründige Fragen zu Leben, Natur und alltäglichen Phänomenen nachgrübelt. Er ist leicht aus der Fassung zu bringen und neigt dazu, seiner Fantasie freien Lauf zu lassen, wobei er sich oft um die schlimmstmöglichen Ausgänge unbekannter Situationen sorgt. Ein wiederkehrendes Thema dieser Sorgen ist der Höhlenmensch, eine bedrohliche Gestalt aus seiner Fantasie, die Menschen in Steinkisten sperrt.

Bonobonos Hauptmotivation scheint der einfache Wunsch zu sein, seine Welt zu verstehen und seinen Platz darin zu finden, während er die Gesellschaft seiner Freunde genießt. Seine Rolle in der Geschichte ist die eines Beobachters und Fragestellers, dessen unschuldige Nachfragen oft zu philosophischen Diskussionen oder humorvollen Missverständnissen führen. Er ist das Herz der Serie und verkörpert eine sanfte, vorurteilsfreie Präsenz, die es den anderen Charakteren und ihren Eigenheiten ermöglicht, zu erstrahlen.

Seine wichtigsten Beziehungen sind zentral für sein Leben. Er hat eine enge Bindung zu seinem Vater, der ein ähnlich langsames und tollpatschiges Wesen an den Tag legt. Seine beiden besten Freunde sind Porori, ein ängstliches und schelmisches Eichhörnchen, und Nuburi, ein jähzorniger Waschbär. Obwohl Nuburi oft mit Frustration und Gewalt auf Bonobonos Langsamkeit reagiert, verbindet das Trio eine tiefe und fürsorgliche Freundschaft. Eine weitere wichtige Figur ist die weise Fischerkatze, die Bonobono und seine Freunde oft um Rat und Antworten auf ihre großen Fragen bitten.

Im Laufe der Serie zeigt Bonobono eine bemerkenswerte Entwicklung. In seinen frühesten Auftritten wurde er fast nie wütend, und in den seltenen Fällen, in denen es doch geschah, konnte es niemand in seiner Umgebung überhaupt bemerken. Im Verlauf der Geschichte verlagerte sich jedoch seine Persönlichkeit, und es wurde üblich, dass er schrie und stark auf die Torheiten anderer reagierte, wodurch er sich von einer rein naiven Figur zu einer entwickelte, die auch als Stimme der Vernunft fungiert.

Was seine bemerkenswerten Fähigkeiten betrifft, so ist Bonobono ein starker Schwimmer und kann tauchen, obwohl er an Land im Vergleich zu seinen im Wald lebenden Freunden merklich langsamer ist. Als Seeotter besitzt er kaum nennenswertes Unterhautfettgewebe für Wärme und Energie, daher trägt er stets eine Muschel bei sich. Diese Schale dient als sein Notfallnahrungsvorrat und wird normalerweise in seiner Hand oder in einer Hauttasche unter seinem Arm aufbewahrt. Wenn er nachdenkt oder versucht, jemandes Aufmerksamkeit zu erregen, klopft er oft auf die Schale, um ein Geräusch zu erzeugen. Trotz seines allgemein tollpatschigen Auftretens hat er in Momenten extremer Anspannung oder Bedrängnis überraschende körperliche Stärke gezeigt.