Ein junger, blau gefellter Seeotter namens Bonobono lebt mit seinem Vater in einem kleinen Haus an einer Klippe am Meer, am Rande eines ausgedehnten Waldes. Sanftmütig, naiv und unendlich neugierig verbringt Bonobono seine Tage damit, die Welt mit seinen zwei besten Freunden zu erkunden. Der erste ist Shimarisu-kun, ein scheues und leicht aus der Fassung zu bringendes Streifenhörnchen, das ständig eine Walnuss bei sich trägt und häufig fragt, ob andere ihn ärgern werden. Der zweite ist Araiguma-kun, ein jähzorniger Waschbär, der oft als ernsthafter Gegenpart zur Albernheit seiner Freunde agiert, Shimarisu unbarmherzig neckt, aber es im Grunde gut meint. Das friedliche Alltagsleben des Trios besteht aus Spielen, der Suche nach Nahrung wie Muscheln und Walnüssen und kleinen Streichen unter den aufmerksamen oder weniger aufmerksamen Blicken der anderen Waldbewohner.

Es gibt keinen großen, übergreifenden Konflikt. Stattdessen wird die Erzählung von Bonobonos einfachen, kindlichen Fragen über die Welt um ihn herum angetrieben, die oft zu sanften, philosophischen Betrachtungen über das Leben, die Natur und Freundschaft führen. Eine Episode könnte die Gruppe begleiten, während sie darüber nachdenken, warum der Himmel blau ist, versuchen, wie ein Biber einen Damm zu bauen, oder sich einer kleinen, selbst geschaffenen Angst wie dem mythologischen Putaway Man stellen, der unartige Kinder einsperrt. Der Humor ist sanft und entspannt und entspringt den Missverständnissen der Charaktere und dem trockenen, beobachtenden Witz von Araiguma-kun. Ein wiederkehrender Gag zeigt, wie Araiguma-kun in einem Moment der Frustration Shimarisu-kun physisch über den Bildschirm schießt.

Der Wald ist bevölkert von einer reichen Besetzung an Nebenfiguren. Die vernünftige und starke Fischkatze, Sunadori Neko-san, dient oft als weise Figur, die die tiefergehenden Fragen der Freunde beantworten kann. Das ehemals stärkste Wesen des Waldes, ein gutmütiger aber massiger Braunbär, bekannt als Higuma no Taisho, lebt zurückgezogen. Bonobonos eigener Vater ist ein tollpatschiger, gutmütiger Otter, der mit seltsamen Pausen spricht und lange Reisen unternimmt. Araiguma-kun lebt in Angst vor seinem leicht reizbaren, schnell genervten Vater. Shimarisu-kun hat eine absurde Anzahl an Schwestern, besonders hervorzuheben sind die elegante Dai Nee-chan und die toughe, mobbende Shou Nee-chan, die sich heimlich um ihren kleinen Bruder sorgt. Andere wiederkehrende Gesichter sind ein Vielfraß, der auf allen Vieren läuft, ein stoischer Dachs und eine unsichere Fennek-Füchsin.

Bemerkenswerte Erzählbögen sind subtil und charakterfokussiert, anstatt handlungsgetrieben. Eine bedeutendere, dramatischere Geschichte erscheint im ersten Kinofilm, in dem Bonobono und seine Freunde Gerüchte über ein riesiges Tier hören, das durch den Wald zieht, und beschließen, es zu finden, was zu Begegnungen mit anderen Hauptfiguren wie einem verlorenen Katzenbrüderchen und einem großen Bären führt. Der zweite Film stellt einen Charakter namens Popo und einen mysteriösen duftenden Baum vor, der schmerzhafte Erinnerungen vergessen lassen kann, was Bonobono dazu bringt, seinem neuen Freund bei der Bewältigung von Trauer zu helfen. Während der langlaufenden Fernsehserie bleibt die Erzählung durchweg episodisch und konzentriert sich auf kleine, nachvollziehbare Momente der Entdeckung und den sanften Humor im Alltag dieser Tierfreunde.