Bonobono ist der Hauptprotagonist, ein junger männlicher Seeotter, der sich durch sein himmelblaues Fell auszeichnet. Er lebt mit seinem Vater in einem Haus auf einer Klippe am Meer, am Rande eines riesigen Waldes, in dem er die meiste Zeit verbringt. Seine Mutter starb, als er sehr jung war, sodass er allein von seinem Vater aufgezogen wurde.

Was seine Persönlichkeit betrifft, ist Bonobono durch sein unschuldiges, sanftes und warmherziges Wesen geprägt. Er ist jedoch schwer von Begriff und hat eine vage Art zu sprechen, ein Merkmal, das von seinem Vater vererbt zu sein scheint. Er ist zutiefst neugierig auf die Welt um ihn herum, was ihn oft dazu bringt, viele Fragen zu stellen, wie Dinge funktionieren oder warum etwas passiert. Diese Neugier ist der Hauptantrieb für viele seiner täglichen Abenteuer und Gespräche mit seinen Freunden. Trotz seines freundlichen Gemüts kann er frustriert werden, obwohl seine Wutausbrüche oft so subtil sind, dass niemand sie bemerkt. Seine Vorstellungskraft ist sowohl eine Stärke als auch eine Quelle der Angst; er stellt sich häufig beängstigende und Worst-Case-Szenarien für unbekannte Situationen vor, mit einer besonderen wiederkehrenden Angst vor einem höhlenbewohnenden Monster, dem Höhlenmenschen.

Bonobonos Hauptmotivation ist einfach: die Welt zu verstehen und sein tägliches Leben mit seinen Freunden zu genießen. Man sieht ihn oft über philosophische oder alltägliche Fragen nachdenken, und seine sanfte Suche nach Antworten bildet den Kern seiner Interaktionen. In der Geschichte dient er als zentrale Figur, um die sich die anderen Charaktere drehen. Seine unschuldige Perspektive und seine Fragen wirken oft als Katalysator für die Ereignisse jeder Episode und veranlassen seine Freunde zu reagieren, zu erklären oder sich ihm bei seinen Erkundungen anzuschließen.

Seine wichtigsten Beziehungen sind zu seinen beiden besten Freunden, einem Streifenhörnchen namens Porori und einem Waschbären namens Neoburi. Porori ist oft zynisch und wird häufig von seinen Schwestern gequält, während Neoburi ein hitziges Temperament hat und dazu neigt, Porori zu schikanieren, was eine klassische komödiantische Dreierdynamik ergibt. Bonobono hat eine enge und liebevolle Bindung zu seinem Vater, einer etwas tollpatschigen, aber fürsorglichen Figur, die ebenfalls mit einem langsamen, stockenden Rhythmus spricht. Er sieht auch zum Fischerkatzen auf, einem starken und vernünftigen Außenseiter, der als das stärkste Tier im Wald gilt und dem jungen Otter oft als Quelle der Weisheit dient.

Im Laufe der Serie zeigt Bonobono eine subtile, aber bemerkenswerte Entwicklung. In seinen frühesten Auftritten wurde er fast nie wütend. Im Laufe der Zeit wird er ausdrucksstärker, bis es normal für ihn wird, zu schreien und stark auf die Possen seiner Umgebung zu reagieren, eine deutliche Abkehr von seinem ursprünglichen, passiveren Charakter. Physisch entwickelte sich auch sein Design, das sich von einer pummeligen, runden Erscheinung zu einer merklich schlankeren Figur wandelte, als sich der Kunststil weiterentwickelte.

Bonobono hat mehrere bemerkenswerte Fähigkeiten und Gewohnheiten. Man sieht ihn fast nie ohne eine Muschel oder Schalentier, die er als Notnahrungsquelle mit sich führt, oft hält er eine in der Hand oder bewahrt einen Ersatz in seiner Achselhöhle auf, eine Gewohnheit, die das Verhalten echter Seeotter widerspiegelt. Er benutzt die Schale, um klopfende Geräusche zu machen, manchmal um zu kommunizieren oder sich auszudrücken. Als Meerestier ist er ein starker Schwimmer und kann tauchen, obwohl er an Land merklich langsamer und unbeholfener ist. Trotz seines allgemein sanftmütigen Wesens besitzt er überraschende körperliche Stärke, die an einem seltenen Anlass deutlich wurde, als er einen giftigen Pilz aß und gewalttätig wurde, oder als er allein ein Seil festhielt, um einen Unfall zu verhindern.