Makoto Niijima ist eine Schülerin im dritten Jahr an der Shujin Academy und amtiert als Schulsprecherin. Sie ist die jüngere Schwester von Sae Niijima, einer Staatsanwältin. Makoto lebt mit ihrer Schwester zusammen, nachdem ihr Vater verstorben ist, und dieser Verlust hat ihr Verantwortungsbewusstsein und ihren Wunsch, den Erwartungen gerecht zu werden, geprägt. Sie ist hochintelligent, ehrlich und fleißig, mit einem Hang zum Perfektionismus und einem starken Pflichtbewusstsein. Sie gilt als ernst und prinzipientreu, hat aber auch eine versteckte sanfte Seite und kann durch Dinge wie Geistergeschichten und die Dunkelheit erschreckt werden. Ihr ernstes Auftreten führt manchmal dazu, dass sie sich von ihren Mitschülern isoliert fühlt, und sie leidet unter dem Druck, ein Musterschüler zu sein, der den von Erwachsenen vorgegebenen Weg ohne Frage geht.

Makotos anfängliche Motivation ist es, sich eine gute Zukunft zu sichern, was sie dazu bringt, die Bitte des Direktors anzunehmen, die Phantomdiebe zu untersuchen, im Austausch für eine Universitätsempfehlung. Ihre tiefere Motivation ist jedoch ein Verlangen nach Gerechtigkeit und das Bedürfnis, einen Ort zu finden, an dem sie wirklich dazugehört. Sie ist verärgert darüber, von Autoritätspersonen benutzt zu werden, und fühlt sich von den starren Erwartungen, die an sie gestellt werden, eingeengt. Nachdem sie die Phantomdiebe trifft und ihren Kampf gegen Korruption miterlebt, ist sie entschlossen, die gesellschaftlichen Ungerechtigkeiten, die sie sieht, herauszufordern. Ihre persönliche Reise handelt davon, sich von der Rolle der gehorsamen Schülerin zu befreien und zu lernen, nach ihren eigenen Überzeugungen zu handeln.

In der Geschichte von Persona 5 the Animation: Dark Sun tritt Makoto zunächst als Antagonistin der Phantomdiebe auf, mit der Aufgabe, ihre Identitäten aufzudecken. Sie entdeckt die Identitäten des Protagonisten, Ryuji Sakamoto, Ann Takamaki und Yusuke Kitagawa, und nutzt dieses Wissen, um sie zu erpressen, ihr zu helfen, den Mafiaboss Junya Kaneshiro zu Fall zu bringen. Während der Infiltration von Kaneshiros Palast wird Makoto selbst in eine Falle gelockt und erpresst, aber diese Krise führt zum Erwachen ihrer Persona, Johanna. Sie schließt sich den Phantomdieben unter dem Codenamen Queen an, und ihr analytischer Verstand macht sie schnell zur Strategin und Beraterin der Gruppe. Ihre Aufgabe ist es, Überfälle zu planen, Informationen zu sammeln und taktische Anweisungen während der Missionen zu geben.

Zu den wichtigsten Beziehungen gehört die Bindung zu ihrer Schwester Sae, die aufgrund von Saes überheblichen Erwartungen und Makotos Angst, eine Last zu sein, von Spannungen geprägt ist. Ihre Beziehung entwickelt sich weiter, als Makoto sich Saes verzerrten Wünschen in deren Palast stellt. Innerhalb der Phantomdiebe entwickelt Makoto eine enge Partnerschaft mit dem Protagonisten, der zu einem vertrauten Vertrauten wird. Sie lernt auch, sich anderen gegenüber zu öffnen, insbesondere Ann Takamaki, mit der sie sich nach anfänglichen Reibereien versöhnt. Ihre Interaktionen mit Ryuji Sakamoto zeigen, wie ihre strenge Persönlichkeit mit seiner Impulsivität kollidiert, obwohl sie letztendlich seine Leidenschaft respektiert.

Makoto durchläuft im Laufe der Geschichte eine bedeutende Entwicklung. Sie beginnt als zurückhaltende und unsichere junge Frau, die Befehlen ohne Frage folgt, aber ihre Erfahrungen mit den Phantomdieben geben ihr Selbstvertrauen und einen Sinn für Zweck. Sie lernt, ihrem eigenen Urteil zu vertrauen, für das einzustehen, woran sie glaubt, und ihre eigenen Werte über externe Bestätigung zu stellen. Dieses Wachstum gipfelt darin, dass sie sich ihrer Schwester stellt und hilft, deren Herz zu ändern, sowie in der aktiven Teilnahme an der finalen Konfrontation mit der gottähnlichen Entität, die die Gesellschaft kontrolliert.

Zu Makotos bemerkenswerten Fähigkeiten gehört ihre charakteristische Persona, Johanna, die die Form eines Motorrads annimmt. Johanna beherrscht nukleare Elementarfähigkeiten, die gegen Feinde wirksam sind, die unter Verbrennung, Einfrieren oder Schock leiden. Makoto ist auch in der Lage, Heilfähigkeiten einzusetzen, um ihre Gruppe zu unterstützen, was sie zu einer vielseitigen Kämpferin macht. Ihr Phantomdieb-Codename Queen spiegelt ihre Führungsqualitäten wider, und sie kämpft mit Tekko-Knöchelwaffen und Revolvern. Ihr strategischer Verstand ermöglicht es ihr, die Schwächen der Feinde zu analysieren und effektive Kampfpläne zu entwickeln. Während sie stärker wird, entwickelt sich ihre Persona zu Anat und später zu Agnes, was ihre nuklearen Fähigkeiten verbessert und mächtigere Unterstützungsfähigkeiten freischaltet.