Shirou Yusa, geboren am 3. März 1990, manifestierte sich als die Apoptosis von Ren Fujii, geboren aus Rens unterbewusstem Todeswunsch. Er wuchs als Nachbar von Ren und Kasumi Ayase in Suwahara City auf, obwohl ihre kindlichen Interaktionen spärlich blieben. Mit sechs Jahren ermordete Shirou, getrieben von Rens vergrabenem Hass, Kasumis Vater, Herrn Ayase. Ren half, die Tat zu vertuschen, indem er sie als Unfall inszenierte – ein Geheimnis, das vor Kasumi und ihrer Mutter bewahrt wurde. Zwei Jahre vor den Hauptereignissen zogen Shirou, Ren und Kasumi nach Suwahara City und bewohnten benachbarte Wohnungen. Shirou schuf eine Durchgang im Wand zwischen seiner Wohnung und Rens, um ständigen Zugang zu haben.
Ein Jahr vor der Hauptgeschichte überlebte Shirou einen katastrophalen Motorradunfall, der seinen Geschmacks-, Geruchs- und Schmerzsinn dauerhaft zerstörte, während seine verbleibenden Sinne leicht verstärkt wurden. Dieses Trauma erweckte einen übernatürlichen „Sinn der Vorhersehung“, der ihm anhaltendes Déjà-vu und echte Präkognition verlieh. Dieses ständige Bewusstsein nährte eine intensive Langeweile am gewöhnlichen Leben, die ihn dazu trieb, extreme Reize zu suchen. Zwei Monate vor den Hauptereignissen drohte Shirou, die Wahrheit über den Mord an Kasumis Vater zu enthüllen, um ihre banale Existenz zu zerstören, und provozierte einen brutalen Kampf auf dem Dach mit Ren, der beide ins Krankenhaus brachte. Während seiner Genesung traf Shirou im Krankenhaus Erii Honjou, die Enkelin des Direktors, die ihm bei der Flucht half. Gemeinsam übernahmen sie die Kontrolle über einen unterirdischen Nachtclub namens „The Bottomless Pit“.
Als Rens Apoptosis besaß Shirou inhärente Vorteile: unbegrenzte Wiederauferstehung, bis er seinen Zweck, Ren zu töten, erfüllte, und Vorhersehung, die ihm unmenschliche Reflexe und taktische Präzision verlieh. Er zeigte abnorm hohes Glück in tödlichen Situationen, oft als göttliche Intervention wahrgenommen. Im Kampf setzte er konventionelle Waffen ein – eine Desert-Eagle-Pistole, ein Honda Valkyrie Rune-Motorrad, Claymore-Minen, Dynamit und flüssigen Stickstoff – und setzte sie strategisch gegen übernatürliche Feinde ein.
Seine Fähigkeiten erweiterten sich dramatisch, als er Ahnenerbe-Relikte erwarb:
* In den Kei- und Marie-Routen erhielt er Elizabeth Bathory (ursprünglich Rusalka Schwägelins Relikt), das sich als Ketten mit 20 Metern Reichweite und 10 Tonnen Zugfestigkeit manifestierte, Nadeln als Geschosse, ein Folterrad mit Stacheln und eine eiserne Jungfrau, die aus seinem eigenen Brustkorb gebildet wurde, um Feinde zu fangen. Seine Pistole erhielt unbegrenzte Munition und seelenzerreißende Eigenschaften.
* In Reas Route, nach Wilhelm Ehrenburgs Tod, beanspruchte er Qliphoth Bacikal und erhielt Blutmanipulation, um lebensentziehende Pfähle zu erschaffen, und verstärkte seine Pistole mit ähnlichen Effekten.
Routenspezifische Ereignisse bestimmten sein Schicksal:
* Kasumi-Route: Shirou starb an tödlichen Verletzungen, die er beim Besiegen Wilhelm Ehrenburgs zum Schutz Kasumis erlitt.
* Kei-Route: Er überlebte Begegnungen mit Wolfgang Schreiber, indem er Schreibers Schwäche erkannte, ihn in ein Minenfeld lockte und seinen eigenen Arm opferte, um einen entscheidenden Schlag zu landen.
* Marie-Route: Von Rusalka verschlungen, ergriff er ihr Relikt aus ihrem Körper und kämpfte später gemeinsam mit Eriis Geist gegen Schreiber.
* Rea-Route: Nach temporärem Tod und Wiederbelebung durch Wilhelm umarmte Shirou vollständig seine Apoptosis-Rolle. Er zwang Ren zu einer finalen Konfrontation auf dem Schuldach. Nach seiner Niederlage erschoss er sich selbst, um die Verbindung zu Ren zu trennen und Rens Kampf gegen Reinhard zu stärken. Während des göttlichen Konflikts unterdrückte sein Atziluth – „Malignant Tumor Apoptosis“ – alle übernatürlichen Kräfte, die schwächer als Rens waren, neutralisierte göttliche Legionen und glich kurzzeitig den Kampf zwischen Göttern aus. Seine Seele wurde schließlich in Gladsheimr absorbiert.
Im Epilog der Marie-Route wurde Shirou in eine friedliche Existenz mit Erii und anderen wiedergeboren, ohne Erinnerungen an die Vergangenheit. Sein ultimatives Vermächtnis lebte in Tenma Sukuna, seiner und Eriis Reinkarnation in Kajiri Kamui Kagura, weiter.
Persönlichkeitsmäßig war Shirou ein risikofreudiges Genie, das von Normalität ständig gelangweilt war. Seine Handlungen folgten keiner konventionellen Moral, sondern waren primär vom Wunsch getrieben, seine existenzielle Langeweile zu lindern. Trotz seiner rücksichtslosen, konfrontativen Art und scharfen Zunge hegte er unterschwellige Angst, wenn er wahren Horro gegenüberstand. Seine Beziehung zu Erii Honjou entwickelte sich zu einer romantischen Partnerschaft, während seine Bindung zu Ren komplex blieb – geprägt von Rivalität, gegenseitiger Zerstörung und widerwilliger Loyalität.