Shinji Matou ist der älteste Sohn der verfallenden Magierfamilie Matou aus Fuyuki City. Die generationsbedingte Ausdünnung der Matou-Blutlinie führte dazu, dass Shinji, der biologische Erbe, ohne funktionierende Magie-Kreisläufe geboren wurde. Diese Unzulänglichkeit definiert ihn, nachdem Sakura Matou als magische Nachfolgerin der Familie adoptiert wird. Anfangs widersteht er einem Außenseiter, akzeptiert Sakura schließlich, verbirgt seine Gefühle jedoch hinter Spott aufgrund seiner arroganten Natur. Seine Entdeckung von Sakura, die im Matou-Wurmgrube von Crest Worms befallen ist, verändert alles. Danach distanziert sich sein Vater Byakuya, und Shinji gibt Sakura die Schuld daran, seinen Traum vom Erben zerstört zu haben, und beginnt mit systematischem Missbrauch. Er deutet ihr schweigendes Erdulden als Unterwerfung. Nach Byakuyas Tod steigert Shinji den Missbrauch auf sexuelle Gewalt und betrachtet Sakura als sein Eigentum. Shinji pflegt eine komplexe Freundschaft mit Shirou Emiya in der Mittelschule. Während er Shirous selbstlose Natur verspottet, schätzt er ihre Kameradschaft, verabscheut jedoch Shirous wachsende Nähe zu Sakura. Er ist akademisch erfolgreich und dient als Vizekapitel des Bogenschützenclubs der Homurahara Academy, wo ihm sein Charisma und seine Sportlichkeit trotz chauvinistischer und narzisstischer Tendenzen Popularität einbringen. Seine Persönlichkeit vereint Arroganz, Anspruchsdenken und einen obsessiven Drang, seinen Wert zu beweisen, insbesondere gegenüber seinem Großvater Zouken Matou. Dies treibt ihn dazu, am Fünften Heiligen Gralkrieg mit Rider teilzunehmen, einem Diener, der ursprünglich von Sakura beschworen wurde. Shinji erzwingt die Kontrolle über Rider durch Zoukens Eingreifen, um sich als rechtmäßiger Matou-Erbe und magische Fähigkeiten bestätigt zu sehen. Innerhalb der *Heaven's Feel*-Route, insbesondere *lost butterfly*, verschärfen sich Shinjis Handlungen. Er entführt Sakura und nutzt einen selbstentwickelten alchemistischen Trank, um ihre magische Energie gewaltsam zu aktivieren, wodurch ihre Verbindung zum Schatten ausgelöst wird. Als Shirou und Sakura ihn im Ryuudou-Tempel konfrontieren, zeigt Shinjis Versagen, Rider zu kontrollieren, Sakura als wahre Meisterin auf, was sein verbliebenes Selbstwertgefühl zerstört. In verzweifelter Bosheit übergießt er Sakura mit dem Trank und flieht. Später im Matou-Anwesen versucht er, Sakura erneut zu vergewaltigen, während er ihr seine magische Unfähigkeit vorwirft. Er droht, ihre Missbrauchsgeschichte Shirou zu offenbaren, und erklärt, er würde "JEDES EINZELNE MAL, WO WIR GEF***T HABEN!!" preisgeben. Dies provoziert Sakura dazu, ihn unter dem Einfluss des Schattens zu töten, was ihre Verwandlung in Dark Sakura auslöst. In anderen *Fate/stay night*-Routen variiert Shinjis Rolle, spiegelt jedoch stets seine Kerneigenschaften wider. In der *Fate*-Route aktiviert er Riders Blood Fort Andromeda in der Schule, gefährdet Schüler, um Macht zu erlangen, und wird nach Riders Niederlage von Illyasviel von Einzbern getötet. In *Unlimited Blade Works* erhält er Gilgamesh als Diener von Kirei Kotomine nach dem Verlust von Rider und versucht, Rin Tohsaka zu vergewaltigen, bevor er tödlich verwundet wird. Spin-offs wie *Fate/EXTRA* zeigen eine alternative Version – ein achtjähriges Spieletalent mit ähnlicher Arroganz, aber ohne direkte Verbindung zu den Fuyuki Matous. Diese Version nimmt am Mond-Holy-Grail-Krieg mit Rider (Medusa) teil und behandelt den tödlichen Konflikt als bloßes Spiel. Shinjis Hintergrund liefert weiteren Kontext. Er studierte während des Vierten Heiligen Gralkriegs im Ausland, unbewusst über die Beteiligung und den Tod seines Onkels Kariya Matou. Zouken ließ seine Mutter hinrichten, weil sie keinen Magier-Erben hervorbrachte, was das Familientrauma vertiefte. Obwohl er Hingabe zeigen kann – belegt durch seine Bogenschützenfähigkeiten und die Entwicklung von über 600 Trankvarianten – verzerren seine magische Unfähigkeit und Zoukens Manipulation seine Ambitionen zu zerstörerischen Obsessionen. Postume Auftritte in Fortsetzungen wie *Fate/hollow ataraxia* zeigen eine weniger antagonistische, aber immer noch abrasive Persönlichkeit in Szenarien, die sein Überleben ermöglichen.