Shinji Matou ist der leibliche Sohn von Byakuya Matou und gehört der verfallenden Magierfamilie Matou an. Ursprünglich als Makiri bekannt, litt die Matou-Linie über Generationen hinweg unter abnehmenden magischen Fähigkeiten, sodass Shinji ohne funktionierende Magic Circuits geboren wurde. Dies machte es ihm unmöglich, trotz seiner Abstammung Magie auszuüben. Byakuya heiratete eine Frau mit einem vererbbaren Zaubermerkmal in der Hoffnung, das magische Potenzial der Familie wiederherzustellen; Shinjis Geburt ohne Circuits bedeutete eine weitere Schmach. Anfangs glaubte Shinji, er sei dazu bestimmt, der Matou-Erbe zu werden. Diese Wahrnehmung änderte sich, als Sakura Tohsaka als potenzielle Erbin in die Familie adoptiert wurde. Shinji lehnte Sakura zunächst als Außenseiterin ab, akzeptierte sie jedoch allmählich, während er seine Gefühle aufgrund seiner arroganten Art hinter Neckereien verbarg. Die Entdeckung der Matou-"Wurmgrube", in der Zouken Matou Sakura Crest Worms zur magischen Ausbildung unterzog, erschütterte seine Weltanschauung. Danach distanzierte sich Byakuya, und Shinji richtete seinen Zorn auf Sakura, die er für die Aneignung seines vermeintlichen Geburtsrechts verantwortlich machte. Nach Byakuyas Tod eskalierte Shinjis Misshandlung zu körperlichem und sexuellem Missbrauch, den Sakura aus Mitleid und Schuldgefühlen ertrug. Akademisch erfolgreich, war Shinji Vizekapitän des Bogenschützenclubs an der Homurahara Academy und blieb trotz seiner chauvinistischen und narzisstischen Tendenzen beliebt. In der Mittelschule entwickelte er eine distanzierte Freundschaft mit Shirou Emiya, spottete oft über dessen Selbstlosigkeit, schützte ihn aber heimlich vor Ausbeutung. Shinji missbilligte Sakuras wachsende Nähe zu Shirou, aus Angst, seine Kontrolle über sie zu verlieren. Als der Fünfte Heilige Gralkrieg begann, wollte Shinji Zouken seinen Wert beweisen. Sakura hatte den Diener Rider beschworen, weigerte sich jedoch zu kämpfen. Shinji überredete Zouken, ihm mit einem gefälschten Command-Spell-Buch, dem "Book of False Attendant", die vorübergehende Kontrolle über Rider zu übertragen. Da ihm eigene magische Energie fehlte, war Shinji auf Riders "Blood Fort Andromeda"-Grenzfeld angewiesen, um Lebensenergie von Schülern der Homurahara Academy zu absorbieren und sie so zu erhalten. In der Heaven's Feel-Route eskalieren Shinjis Handlungen. Nach Riders erster Niederlage entführt er Sakura und zwingt sie, ein weiteres Command-Spell-Buch zu erstellen. Er hält sie in der Schule gefangen und verlangt von Shirou, gegen Rider zu kämpfen. Als Rin Tohsaka und Archer eingreifen und Rider erneut besiegen, entzieht Sakura Shinji die Kontrolle. Wütend nutzt Shinji alchemistisches Wissen, um Sakuras Crest Worms zu aktivieren, was dazu führt, dass sie die Kontrolle verliert und Riders Grenzfeld unkontrolliert aktiviert. Später konfrontiert er Sakura im Matou-Anwesen und verhöhnt sie wegen seiner Misshandlungen, was sie dazu bringt, ihn zu töten. In anderen Routen variiert Shinjis Schicksal. In der Fate-Route wird er nach Riders Niederlage von Illyasviel von Einzbern und Berserker getötet. In Unlimited Blade Works verbündet er sich mit Kirei Kotomine und erhält nach Riders Tod Gilgamesh als Diener. Gilgamesh manipuliert ihn, indem er Illyasviels Herz in ihn einpflanzt, um ihn zum Gefäß des Heiligen Grals zu machen, was zu seiner Verwandlung in eine amorphe Masse führt, bevor Rin ihn rettet. Außerhalb der Hauptzeitlinie erscheint Shinji in Fate/EXTRA als eigenständiger Charakter mit gleichem Namen und Aussehen. Dieser achtjährige Gaming-Champion nimmt am Moon Holy Grail War teil, in dem Glauben, es handle sich um ein virtuelles Spiel. Er pflegt eine geschwisterähnliche Dynamik mit seinem Diener Rider, bleibt sich der tödlichen Konsequenzen des Krieges jedoch bis zu seiner Niederlage unbewusst. Shinji vereint Arroganz, Impulsivität und einen Minderwertigkeitskomplex aufgrund seiner magischen Unfähigkeit. Er zeigt chauvinistische Einstellungen und ein Anspruchsdenken, besonders gegenüber Sakura, die er als Familienbesitz betrachtet. Trotz seiner Fehler beweist er Intelligenz, Hingabe in Bereichen wie Bogenschießen und Alchemie sowie ein anhaltendes Verlangen nach Anerkennung. Seine Beziehung zu Shirou ist ambivalent; er schätzt ihre Freundschaft, verabscheut aber Shirous moralische Integrität und dessen wachsende Bindung zu Sakura.