Hisako, eine ältere Malerin, die in dem ländlichen Küstenort lebt, in dem Anna vorübergehend wohnt, verbringt ihre Tage damit, die nebelverhangenen Sümpfe und das rätselhafte verlassene Herrenhaus in der Nähe zu skizzieren. Aufmerksam beobachtend bemerkt sie eine unheimliche Ähnlichkeit zwischen Annas Zeichnungen eines geisterhaften Mädchens namens Marnie und der vergessenen Geschichte, die mit dem verfallenen Anwesen verbunden ist. Mit ruhiger Intuition fügt Hisako die Fäden von Marnies Vergangenheit zusammen und erzählt von ihrer tragischen Kindheit unter gleichgültigen Eltern, ihrem flüchtigen Glück mit ihrem Mann Kazuhiko, der herzzerreißenden plötzlichen Trennung durch seinen Tod und der anschließenden Entfremdung von ihrer Tochter Emily. Sie enthüllt, wie Marnies Bemühungen, ihre Enkelin Anna zu umsorgen, jäh mit ihrem eigenen Tod endeten, was das Kind verwaist und orientierungslos zurückließ.
Durch geduldige, bedachte Gespräche führt Hisako Anna dazu, diese vergrabenen Verbindungen zu verstehen, und verwebt Marnies Leiden zu einem generationsübergreifenden Bild. Ihre Erkenntnisse ermöglichen es Anna, ihre geisterhaften Begegnungen mit Marnie nicht als bloße Visionen, sondern als Echos einer gemeinsamen Abstammung zu begreifen. Indem Hisako das Zusammenspiel zwischen Annas Skizzen, den Geheimnissen des Herrenhauses und der zerrütteten Familiengeschichte beleuchtet, wird sie zum Anker für die stürmischen Emotionen des Mädchens. Ihre Worte lenken Anna sanft dazu, ihr Gefühl des Verlassenseins mit der beständigen, wenn auch unvollkommenen Liebe ihrer Adoptivfamilie in Einklang zu bringen, und helfen ihr schließlich, ein neues Gefühl der Zugehörigkeit zu finden.