Anna Sasaki, die im Säuglingsalter durch einen Autounfall in Sapporo zur Waise wurde, kam in die Obhut ihrer Großmutter, nur um sie im darauffolgenden Jahr zu verlieren. Da sie keine engen Familienangehörigen hatte, wurde sie in ein Waisenhaus geschickt, ihr einziger Besitz waren die blaue Haarklammer ihrer Großmutter und ein altes Foto des Kindheitshauses ihrer Großmutter. Im Alter von fünf Jahren wurde sie von Yoriko und ihrem Ehemann adoptiert und erlebte eine im Allgemeinen glückliche Kindheit.
Um ihr zwölftes Lebensjahr herum entdeckte Anna behördliche Dokumente, die finanzielle Unterstützung für ihre Pflege offenbarten, die ihren Adoptiveltern gewährt wurde. Dies veranlasste sie, deren Zuneigung in Frage zu stellen, da sie glaubte, sie sei finanziell motiviert. Sie distanzierte sich emotional, nannte Yoriko „Tante“, und zog sich zurück, wurde in der Schule sozial isoliert und hatte Schwierigkeiten, Kontakt zu Gleichaltrigen zu knüpfen. Diese Gefühle der Entfremdung, verstärkt durch unverarbeitete Trauer um den Verlust ihrer leiblichen Familie, führten zu Angstzuständen und Depressionen. Ein Asthmaanfall in der Schule erforderte medizinische Behandlung und daraufhin wurde sie in das ländliche Küstenstädtchen Kissakibetsu zu den Verwandten Setsu und Kiyomasa Ōiwa geschickt, um saubere Luft und Stressabbau zu finden.
In Kissakibetsu erkundete Anna ein verlassenes Herrenhaus auf der anderen Seite eines Salzmarschens, das ihr unerklärlich vertraut vorkam. Bei einem Besuch wurde sie von der Flut überrascht und vom örtlichen Fischer Toichi gerettet. Sie begann, lebhafte Träume von einem blonden Mädchen im Herrenhaus zu haben. Nach einer Auseinandersetzung mit dem lokalen Mädchen Nobuko während des Tanabata-Festes floh Anna zum Marsch und traf physisch auf das Mädchen aus ihren Träumen, Marnie. Die beiden schlossen einen geheimen Freundschaftspakt und trafen sich heimlich im Herrenhaus. Anna vertraute Marnie ihre Gefühle der Wertlosigkeit an, ihren Glauben, dass ihre Adoptiveltern sie nicht wirklich liebten, und ihren Groll gegenüber ihrer leiblichen Familie für deren Tod. Marnie teilte ihre eigenen Erfahrungen von Vernachlässigung und Misshandlung durch Betreuer, während ihre wohlhabenden Eltern auf Reisen waren. Anna half Marnie, ihre Angst vor einem nahegelegenen Silo zu überwinden, in dem sie einst bedroht worden war, was mit einem schweren Sturm zusammenfiel, der Anna fiebrig und bewusstlos zurückließ.
Während ihrer Genesung erfuhr Anna Marnies ganze Geschichte von der älteren örtlichen Künstlerin Hisako. Hisako enthüllte, dass Marnie ihren Jugendfreund Kazuhiko geheiratet und eine Tochter namens Emily hatte. Nach Kazuhikos plötzlichem Tod zog sich die trauernde Marnie in ein Sanatorium zurück und schickte Emily ins Internat, was ihre Beziehung unwiederbringlich zerbrechen ließ. Emily starb später bei einem Unfall und hinterließ eine Tochter – Anna. Marnie zog Anna daraufhin groß, starb aber kurz darauf, was zu Annas Unterbringung in Pflegefamilien führte. Anna erkannte, dass Marnie ihre Großmutter war und dass ihre Begegnungen eine spirituelle Verbindung über Generationen hinweg darstellten, was ihre Vertrautheit mit dem Herrenhaus und Marnie erklärte.
Diese Offenbarung ermöglichte Anna eine bedeutende emotionale Entwicklung. Sie verarbeitete ihre Trauer und Verlassenheitsgefühle, verzieh Marnie und ihren leiblichen Eltern. Sie versöhnte sich mit ihrer Adoptivmutter Yoriko, die offen über die staatliche Unterstützung sprach und beteuerte, dass diese ihre echte Liebe nicht schmälerte. Anna begann, Yoriko „Mutter“ zu nennen, als Zeichen der Akzeptanz ihrer Bindung. Sie kehrte mit einem neuen Gefühl des Friedens bezüglich ihrer Identität und Familiengeschichte nach Sapporo zurück und versprach, die in Kissakibetsu geknüpften Verbindungen aufrechtzuerhalten.