Logan, im originalen japanischen Release als Yama bekannt, ist die zentrale Figur der Handlung. Er stammt von einer Gaia-Sanktion-Kolonie auf dem terraformierten Mars, wo er mit seinem älteren Bruder Ezra und seiner Jugendfreundin Nami lebte. Ein Unfall in ihrer Kindheit ereignete sich, als Logan versuchte, die Blumen seiner verstorbenen Mutter in einem Gewächshaus wiederzubeleben, wodurch es versehentlich zu einer Explosion kam, die Ezra lähmte und Nami auf lebenserhaltende Systeme angewiesen sein ließ. Dieses Ereignis lastete schwer auf Logan und trieb ihn an, nach Wiedergutmachung zu streben. Ezra, inzwischen ein hochrangiger Admiral der Gaia-Sanktion, nutzt Logans Schuldgefühle aus, indem er ihm einen gefährlichen Auftrag erteilt: an Bord von Captain Harlocks Arcadia zu gehen, um Informationen zu sammeln und Harlock zu ermorden. Logan nimmt an, in der Hoffnung, für die Vergangenheit zu büßen. An Bord der Arcadia hält Logan zunächst seine Loyalität gegenüber der Gaia-Sanktion aufrecht, während er die Operationen der Crew kennenlernt. Er zeigt eine natürliche Begabung für die Schiffswaffen, insbesondere die montierten Kanonen, und erlangt so eine vorsichtige Akzeptanz, trotz Spannungen mit Crewmitgliedern wie Kei Yuki. Während einer kritischen Mission, bei der er einen Sprengsatz auf einem abgelegenen Planeten platzieren soll, riskiert Logan sein Leben, um Kei vor einem Sturz zu retten – eine Tat, die beginnt, seine Sichtweise zu verändern. Harlock rettet Logan später und offenbart, dass er von der Infiltration wusste. Er bietet Logan einen Platz in der Crew an und spricht damit dessen Wunsch nach wahrer Freiheit an. Dies veranlasst Logan, von der Gaia-Sanktion zu desertieren und sich vollständig der Arcadia anzuschließen. Logans Loyalität wird auf eine harte Probe gestellt, als die Crew in das Sonnensystem zurückkehrt und sich Ezra und der Gaia-Sanktion-Flotte gegenübersieht. Ezra enthüllt Harlocks wahren Plan: anstatt die Erde wiederherzustellen, plant Harlock, strategische Sprengköpfe zu zünden, um das aktuelle Universum zu zerstören und einen neuen Urknall auszulösen. Von dieser Enthüllung erschüttert und betrogen fühlend, wechselt Logan erneut die Seiten und hilft Ezra, die Arcadia zu kapern und ihre Crew einzusperren. Diese Entscheidung führt zu einer Tragödie. Ezra konfrontiert Nami und entdeckt, dass sie Logan mit geheimen Informationen versorgt hat, um der Arcadia zu helfen. Während ihres Streits offenbart Nami, dass sie sich geopfert hat, um Ezra Frieden zu schenken, und gesteht ihre Liebe zu Logan, bevor ihre lebenserhaltenden Systeme versagen. Ezra verschweigt Logan die Wahrheit über Nami Tod und behauptet, sie sei eines natürlichen Todes gestorben. Von Trauer und Misstrauen verzehrt, begibt sich Logan auf die Erdoberfläche und entdeckt eine Wiese lebender Blumen – die Erfüllung eines Traums, den er einst mit Nami teilte. Diese Entdeckung beweist, dass die Erde Leben erhalten kann, und verändert seine Sichtweise grundlegend. Mit neu gefundener Hoffnung befreit Logan die Arcadia-Crew und überzeugt Harlock, den Plan der Universumszerstörung aufzugeben. Gemeinsam decken sie die Täuschung der Gaia-Sanktion über den Zustand der Erde auf. Während der folgenden Schlacht dringt Ezra auf die Arcadia vor und konfrontiert Logan. Ihr Kampf in Schwerelosigkeit gipfelt darin, dass Ezra Logan ins Gesicht schießt und ihm eine Narbe ähnlich der von Harlock zufügt. Harlock greift ein und fügt Ezra eine tödliche Wunde zu. Mit seinen letzten Worten offenbart Ezra, dass die Umleitung eines Superwaffenstrahls von Nami Liebe zu den Blumen der Erde motiviert war. Nachdem die Arcadia auf der Erde notgelandet ist, übergibt Harlock Logan den letzten Zünder und bietet ihm die Wahl, das Universum zu beenden. Logan lehnt ab und erklärt die Erde zu einem „Geschenk von Nami und Ezra“. Er akzeptiert Harlocks symbolische Augenklappe, um sein verletztes Auge zu bedecken, übernimmt das Kommando über die Arcadia und wird der nächste Captain Harlock, mit der Aufgabe, den Mythos der Freiheit für das Universum zu bewahren.