Mamoru Kusanagi ist eine zentrale Figur, deren Ursprünge eng mit den Aragami verwoben sind, uralten monströsen Wesen, die Japan bedrohen. Als Säugling wurden seine Eltern von dem Aragami-Herrscher Orochi getötet, der sieben Mitama, also Aragami-Seelen, in seinen Körper implantierte. Orochi gab ihm die lebenslange Aufgabe, die Kushinada zu beschützen, die designierte menschliche Opfergabe, deren Macht die Aragami in einen Ruhezustand versetzen kann. Während seines Aufwachsens behütete Kusanagi Kaede Kunikida, die erste Kushinada, und entwickelte komplizierte Gefühle für sie. Er war zutiefst unglücklich über sein erzwungenes Schicksal und suchte nach einem Weg, sich von den Aragami zu befreien, indem er die Kushinada tötete, da er glaubte, dass ihr Tod den Puls auslösen würde, der die Aragami im Schlaf hält. Nach Kaedes scheinbarem Opfer versuchte er, ihre Zwillingsschwester Momiji Fujimiya zu töten, war jedoch nicht in der Lage dazu, weil ihr Gesicht ihn an Kaede erinnerte und einen Impuls auslöste, ihr nicht zu schaden.

Kusanagi besitzt eine raue, direkte und oft derbe Persönlichkeit und neckt Momiji häufig wegen ihres Aussehens oder ihrer Wahl der Unterwäsche. Unter dieser schroffen Fassade verbirgt sich ein gequälter Mensch, der ständig gegen den Aragami-Einfluss in sich ankämpft. Seine Hauptmotivation verschiebt sich von der Suche nach persönlicher Freiheit hin zum echten Schutz von Momiji und der Hilfe im Kampf gegen die Aragami. Er wird ein Schlüsselmitglied des Terrestrischen Verwaltungszentrums (TAC), einer Organisation, die sich dem Kampf gegen die Aragami widmet, und übernimmt die Rolle von Momijis Beschützer. Im Laufe der Geschichte entwickelt er eine tiefe romantische Bindung zu Momiji, die den Schmerz erkennt, den er trägt, und ihm schließlich ihre Liebe gesteht. Kusanagi teilt zudem eine ungewöhnliche Verbindung mit Momiji, da beide Mitama von Orochi erhalten haben, was in den späteren Phasen des Konflikts entscheidend wird.

Kusanagis Fähigkeiten stammen von den sieben in seinen Körper implantierten Mitama. Seine Mutation verleiht ihm grünes Blut und die Fähigkeit, seinen Körper in gewissem Maße zu verwandeln. Er kann scharfe Klingen aus seinen Armen sprießen lassen und besitzt außergewöhnliche physische Fähigkeiten, darunter beeindruckende Sprungkraft und Beweglichkeit. Ohne ein achtes Mitama fehlt ihm jedoch zunächst die Stärke, um sich direkt dem mächtigen Aragami Murakumo zu stellen. Spät in der Serie erhält er ein achtes Mitama von Momiji, als er sie aus Gefahr rettet, was ihm verstärkte Kräfte verleiht und es ihm ermöglicht, auf Augenhöhe gegen Murakumo zu kämpfen. Im Laufe der Geschichte entwickelt sich Kusanagi von einem widerwilligen Diener der Aragami zu einem hingebungsvollen Beschützer und Verbündeten, der sich dafür entscheidet, für beide Kushinadas und für seine eigene Freiheit zu kämpfen. Sein Name trägt symbolische Bedeutung: „Mamoru“ bedeutet Beschützer, und „Kusanagi“ leitet sich vom legendären Grasschneidenden Schwert der japanischen Mythologie ab.