Dr. Rafael, gelegentlich auch als Dr. Kane in Adaptionen bekannt, ist ein Wissenschaftler, der für die Ereignisse nach der ursprünglichen Science Ninja Team-Serie entscheidend ist. Im Galactor-Hauptquartier gefangen gehalten, führte er geheime Experimente zur Raumkommunikation durch. Diese Experimente zogen unbeabsichtigt Leader X zur Erde, eine Handlung, die aus wissenschaftlicher Neugier resultierte und Kontroversen auslöste. Er überlebte den anfänglichen Untergang von Galactor und floh. Auf der Flucht vor Galactor entdeckte Dr. Rafael Joe Asakuras Leiche in der Nähe des Cross Karakorum nach Joes Opfertod. Er brachte Joe zu einer versteckten Einrichtung und belebte ihn mit fortschrittlicher Kybernetik wieder. Diese umfassende Umgestaltung verwandelte Joe in einen Cyborg, eine lebende Waffe, die speziell zur Bekämpfung von Leader X entwickelt wurde. Dr. Rafael rechtfertigte dies als notwendig für das Überleben der Erde und nutzte Joes Hass auf Galactor und dessen Kampffähigkeiten. Er hielt Joes Cyborg-Natur und Zustand vor dem Science Ninja Team geheim, als Joe zurückkehrte. Dr. Rafael schuf auch den Micro Space Bomber, die einzige wirksame Waffe gegen Leader X, und präsentierte ihn sowohl als seine Verantwortung als auch als Geschenk an die Welt. Seine Aktivitäten erstreckten sich auf die Gründung einer versteckten Cyborg-Kolonie, in der er weitere Experimente an Personen wie Cathy und Wulfe durchführte, um die Mensch-Maschine-Integration zu erforschen. Diese Handlungen definierten seine moralisch komplexe Rolle, bei der er technologischen Antrieb mit dem größeren Wohl abwog. Seine Vergangenheit trug direkt zur Entstehung von Gel Sadra bei. An Bord der Queen Margaret während Leader X' Angriff, der Massenopfer forderte, darunter Dr. Pandoras Ehemann und das vermeintliche Kind Sammy, überlebte Dr. Rafael. Ohne Dr. Pandoras Wissen überlebte auch Sammy, wurde von Leader X gefangen genommen, mutiert und schnell zu Galactors neuem Kommandanten Gel Sadra gealtert. Dies verband Dr. Rafael indirekt mit dem Hauptantagonisten der Fortsetzungsserie. Dr. Rafaels Motivationen waren eine Mischung aus Schuldgefühlen darüber, Leader X zur Erde gebracht zu haben, und einem unerbittlichen Streben nach wissenschaftlichen Lösungen, ungeachtet der ethischen Kosten. Seine Manipulation von Joe veranschaulichte dies, indem er den wiederbelebten Condor eher als ein wesentliches Werkzeug für das Überleben der Erde denn als einen Menschen betrachtete. Sein endgültiges Schicksal sowie die Auflösung seiner Rolle in der Cyborg-Kolonie und im Kampf gegen Galactor bleiben in der Fortsetzungsserie und ihren dokumentierten Adaptionen unerforscht.