Amamiku, Tochter von Terraformern, die ihr samen-tragendes Raumschiff in einen der weniger radioaktiven Ozeane der Erde stürzten, wurde von ihren Eltern in Stasis versetzt, bevor diese umkamen. Sie erschien zehn Jahre später. Nun, neunzig Jahre nach dem Absturz, lebt das vierzehnjährige Mädchen allein in den Trümmern. Ihr Körper gleicht dem einer Sechzehnjährigen, während ihr Gesicht eher dem einer Zwölfjährigen ähnelt. Sie wird von dem kleinen Roboter Pyron und dem Computersystem Mayzamik begleitet. Da sie nur Isolation kennt, hat sie nie einen anderen Menschen getroffen.

Ihre Mission ist es, die Samen mit dem genetischen Code der Erde zu bewachen und das Werk ihrer Eltern fortzusetzen, um die Fruchtbarkeit des Planeten wiederherzustellen, sobald die Bedingungen es zulassen. Ihre Existenz wird von überlebenden Menschen entdeckt. Nachdem sie sich zu weit vom Schiff entfernt hat, wird sie von einer U-Boot-Besatzung gerettet, ein Ereignis, das einen langwierigen Konflikt entfacht. Amamiku wird wiederholt von Glyptofane angegriffen, einem körperlosen Gehirn, das die Menschheit als Plage betrachtet, und dessen robotischer Gadom-Armee. Diese Angriffe zwingen sie und die U-Boot-Besatzung zu einer Reihe von Fluchten, während sie versuchen, die Samen zur Unterwasserstadt Bachisfare zu transportieren. Glyptofanes unerbittliche Verfolgung bildet die zentrale Herausforderung für ihr Ziel der planetaren Wiederherstellung.

Ihr Name leitet sich von Amamiko (oder Amamikyo/Amamikiyo) ab, einer Schöpfergöttin der Ryukyu-Religion, die mit den Amami-Inseln verbunden ist.