Makoto Yuki ist ein Schüler der Suzaku-Akademie und ein ehemaliger Schüler der Lehrerin Sayaka Nanjo. Er wuchs mit Sayaka in einer geschwisterähnlichen Beziehung auf, die sich später während ihrer vorherigen Lehrtätigkeit zu einer verbotenen romantischen Beziehung entwickelte. Dieser Skandal zwang Sayaka, an eine neue Schule zu wechseln, aber Makoto besucht weiterhin dieselbe Akademie. Er zeichnet sich durch seine anhaltende Anziehung zu Sayaka aus und beobachtet sie oft mit sehnsüchtigen Blicken. Seine Hauptmotivation ist es, wieder mit ihr in Kontakt zu treten und ihre vergangene Beziehung wieder aufleben zu lassen. In der Geschichte dient er als Katalysator für den zentralen Konflikt und repräsentiert die ungelöste emotionale Vergangenheit, die Sayaka zu verbergen versucht. Seine Beziehung zu Sayaka ist das bestimmende Element seiner Rolle, und er zeigt keine besonderen Fähigkeiten oder durchläuft im Laufe der Serie kein bedeutendes persönliches Wachstum.