Celebi, das mystische Pokémon, das als „Stimme des Waldes“ verehrt wird, treibt die Handlung seines Films durch seine außergewöhnlichen Zeitreisefähigkeiten voran und zieht die unerbittliche Verfolgung jener auf sich, die nach seinen Kräften gieren. Vierzig Jahre vor den Hauptereignissen wird Celebi während einer Verfolgungsjagd im Wald von einem Pokémon-Jäger verletzt. Ein junger Junge namens Sammy beschützt das verletzte Pokémon, woraufhin Celebi in seiner Verzweiflung seine Kräfte aktiviert. Diese Aktion versetzt sowohl Celebi als auch Sammy unbeabsichtigt in die Zukunft, wodurch Sammy weit von seiner Zeit entfernt strandet. In der Gegenwart taucht Celebi erneut zusammen mit Sammy im selben Wald auf, flieht jedoch, geschwächt und misstrauisch. Ash und seine Begleiter treffen auf Sammy und finden das scheue Celebi, das sie mit ihrer Fürsorge allmählich beruhigen können. Von wilden Pokémon geführt, reist die Gruppe zum See des Lebens – einem Heiligtum mit reinigenden Wassern –, wo Celebi vollständig genesen ist und eine verspielte und liebevolle Natur gegenüber Ash und Sammy offenbart. Celebis Zerbrechlichkeit wird zum Verhängnis, als der Eisenmasken-Bandit, ein Mitglied von Team Rocket, es mit einem verderblichen Dark Ball einfängt. Dieses Gerät verwandelt Celebi in eine bösartige Kraft, die seine Macht maximiert, um eine wuchernde Rüstung aus Ranken und Bäumen zu erschaffen, die den Wald verwüstet. Im Chaos gelingt es Ash und Sammy, die Rüstung zu durchbrechen und zu Celebi vorzudringen. Ihr emotionaler Appell durchbricht die Kontrolle des Dark Balls und stellt Celebis wahres Wesen wieder her – doch das Trauma lässt es tödlich erschöpft zurück. Eine Versammlung von Celebi aus verschiedenen Zeiten belebt den gefallenen Wächter am See des Lebens wieder und demonstriert ihre zeitlose Einheit. Celebi bringt Sammy anschließend in seine ursprüngliche Zeit zurück und bestätigt damit seine Rolle als Hüter der zeitlichen Harmonie. In einer Post-Credit-Szene wird enthüllt, dass Sammy zu Professor Eich heranwächst und seine Begegnung durch Skizzen von Celebi und Pikachu festhält.