Yūki Hayabusa, eine Ninja des Koga-Clans und Schwester von Kojiro, trägt die Narben einer tragischen Vergangenheit: Ihre Familie fiel dem unsterblichen Cyborg Ginnai Doma zum Opfer, als dieser anderthalb Jahre vor der Haupthandlung ihr Dorf angriff. Obwohl von Rachedurst getrieben, blieb ihre gemeinsame Trauer ungelöst, da ihr Bruder auf einen Rückzug bestand, was schwelende Spannungen zwischen ihnen schürte. Als Verbündete rivalisierender Ninja-Fraktionen, die sich gegen Ginnai und Oda Nobunaga stellen – einen Kriegsherrn mit Maschinengewehren und Cyborg-Soldaten, die ihrer Zeit weit voraus sind – liefert Hayabusa sich wiederholt Gefechte mit Shishimaru Tenoh, dem Protagonisten. Ihre Rivalität gründet in seiner Verachtung für ihren Clan und ihrem Vorwurf seiner emotionalen Schwäche. Doch ihr kämpferisches Verhältnis entwickelt sich während gemeinsamer Missionen, um Ginnai zu vernichten, wobei ihr taktisches Geschick durch koordinierte Hinterhalte und minutiös gelegte Fallen glänzt. Ein entscheidender Wendepunkt tritt ein, als Nagatoji, ein erfahrener Ninja, sich opfert, um die Gruppe zu schützen, und Shishimaru damit beauftragt, Hayabusa zu beschützen. Diese Tat schmiedet widerwilliges Vertrauen und führt dazu, dass sie gemeinsam einen Felssturz-Hinterhalt gegen Ginnai planen. Zunächst von Partnerschaft zurückhaltend, schließt Hayabusa sich allmählich Shishimarus Streben nach Gerechtigkeit an und stellt sich ihrem gemeinsamen Feind während des katastrophalen Reaktorschmelzens des Cyborgs. In alternativen Zeitlinien dient Hayabusa als Zeitagentin des 23. Jahrhunderts, die entsandt wird, um außerirdisch verursachte Verzerrungen in der Sengoku-Zeit zu korrigieren. Von Nobunagas Cyborg-Verbündeten Ulysses und Zhang Fei gefangen genommen, durchleidet sie mentale Extraktion für zukünftige Informationen, bevor Ulysses, der die Sinnlosigkeit des Konflikts erkennt, ihre Freilassung sichert. Befreit, verbündet sie sich mit dem Black Lion-Syndikat, um grenzüberschreitende Invasionen abzuwehren, und verlässt schließlich die Erde gemeinsam mit Shishimaru und der Gruppe, um existenziellen Bedrohungen im Kosmos entgegenzutreten. Ihre Reise entwickelt sich von individueller Rache hin zum Aufbau von Allianzen, während sie sich an eskalierende Gefahren anpasst. Durch fragile Bündnisse und aufeinanderprallende Ideologien navigiert sie ihre Loyalität zum Clan mit dem Pragmatismus fraktionsübergreifender Einheit und verkörpert Widerstandsfähigkeit inmitten unerbittlicher Widrigkeiten.