Musashi tritt als wiederkehrender Antagonist des Team Rocket auf. Sie jagt Celebi zusammen mit ihren Teamkollegen Kojirō und Nyarth und bildet eine temporäre Allianz mit dem Hauptantagonisten, dem Eisenmasken-Banditen (Vicious), um das mystische Pokémon zu fangen. Diese Allianz endet abrupt. Während der Konfrontation am See des Lebens wird Musashi vom Eisenmasken-Banditen gefangen genommen, nachdem dieser Celebi mit einem Dark Ball gefangen hat. Während sie gefesselt ist, hört sie, wie er sein wahres Ziel offenbart: Celebis Macht zu nutzen, um Giovanni zu stürzen und die Kontrolle über Team Rocket zu übernehmen. Ihre Gefangennahme und die Enthüllung dieses Verrats unterstreichen die extreme Skrupellosigkeit des Banditen im Vergleich zu den üblichen Operationen von Team Rocket. Im Konflikt des Films spielt Musashi größtenteils eine reaktive Rolle. Sie beteiligt sich unter der Anleitung des Banditen an der Verfolgung von Celebi und Ashs Gruppe, hat aber minimalen Einfluss auf die Haupthandlung rund um Celebis Gefangennahme, Korruption oder Rettung. Ihre Anwesenheit unterstreicht hauptsächlich die Bedrohung, die vom Banditen und Team Rocket ausgeht. Nach der Niederlage und Gefangennahme des Banditen durch die Wald-Pokémon trifft Musashi wieder auf Kojirō und Nyarth in der Nähe des Sees, was ihre Beteiligung abschließt. Ihre Darstellung steht im Kontrast zum eindeutig bösartigen Auftreten des Banditen. Obwohl sie durchweg antagonistisch bleibt, zeigt ihr Schock über seinen Plan, Giovanni zu verraten, sowie ihr Überleben und die Wiedervereinigung mit ihrem Team, dass sie eher ihrer etablierten Rolle als hartnäckige, aber weniger bösartige Gegenspielerin innerhalb von Team Rocket entspricht.