Während der Ereignisse in Dahara City trifft Bonnie als Teil von Ashs Gruppe ein, nachdem sie durch ein mysteriöses Ringportal transportiert wurde, nachdem Hoopa ihre donutförmigen Poké Puffs gestohlen hatte. Sie zeigt während des gesamten Films ihre charakteristische Begeisterung für Pokémon. Als die Gruppe erfährt, dass zur Neuerstellung der Prison Bottle Feuer-, Wasser- und Bodenkraft erforderlich sind, erinnert sich Bonnie daran, ein wildes Hippopotas in der Nähe des Wüsten-Pokémon-Centers gesehen zu haben, das sie zuvor besucht hatten. Sie schlug vor, dieses Hippopotas zu nutzen, um die benötigte Boden-Kraft bereitzustellen. Hoopa transportierte das Hippopotas mithilfe seiner Ringe zum Dahara Tower, was der Gruppe ermöglichte, fortzufahren. Bonnie blieb während des Höhepunkts des Konflikts, bei dem mehrere herbeigerufene legendäre Pokémon beteiligt waren, mit der Gruppe im Dahara Tower anwesend und erlebte die Lösung, bei der Hoopa seinen Schatten überwand und half, das Chaos zu beenden. Ihre Handlungen spiegeln ihre typische Rolle als jüngstes Gruppenmitglied wider, indem sie Beobachtungen und unterstützende Ideen beisteuert, anstatt direkten Kampf oder komplexe Strategien.