Takagi, ein Highschool-Lehrer, der in eine heimliche sexuelle Beziehung mit seiner 15-jährigen Schülerin Tomie Kawakami verstrickt ist, sieht sich während eines Schulausflugs in den Bergen mit einer Krise konfrontiert, als Tomie ihre Schwangerschaft gesteht. Die Enthüllung führt zu einer gewaltsamen Auseinandersetzung mit ihrem Freund Yamamoto, die mit Tomies tödlichem Sturz von einer Klippe endet. Um der Gerechtigkeit zu entgehen, organisiert Takagi eine Vertuschung, zwingt die Klasse, ihre Leiche in 42 Teile zu zerstückeln und die Beweise zu verstreuen. Er stellt persönlich sicher, dass sie tot ist, indem er sie mit einer Schere ersticht, bevor er die grausigen Überreste unter den Schülern verteilt. Als Tomie auf mysteriöse Weise wieder lebendig auftaucht, zweifelt Takagi an ihrer Identität, bis ihre Anspielungen auf ihre gemeinsame Vergangenheit seinen psychischen Zusammenbruch auslösen, der in seiner Einweisung in eine Anstalt endet. Spätere Berichte schildern einen instabilen, aber mitschuldigen Takagi, der Tomies perverse Experimente unterstützt, um ihre regenerativen Fähigkeiten zu nutzen. Er pflanzt ein Stück ihrer Niere in einen Transplantationsempfänger ein und lässt unwissentlich mehrere Tomie-Klone entstehen, als sich das Organ verändert. Seine Taten eskalieren, als er „Tomie-Samen“ in einer Stadt verbreitet und ihre exponentielle Vermehrung beschleunigt. Obwohl moralisch kompromittiert und von Selbstbewahrung getrieben, bleiben Takagis Motive im Unklaren. Seine Entwicklung wandelt sich vom mitschuldigen Pädagogen zu einem Spielball in Tomies übernatürlichem Kreislauf aus Regeneration und Manipulation. Unbestätigte Spekulationen deuten auf eine Verbindung zu einer späteren Figur namens Satoru hin. Sein Familienstand verstärkt die Komplexität seiner verbotenen Verstrickung mit Tomie, während sein psychischer Verfall in einem Verschwinden gipfelt, das das von ihr erzeugte Chaos widerspiegelt. Seine Taten zeichnen ein Bild von Schuld, Angst und Besessenheit, das eine Psyche offenbart, die von den Folgen seiner Entscheidungen und Tomies unerbittlichem Einfluss gequält wird.