Shirou Emiya, der einzige Überlebende des Brandes von Fuyuki City vor einem Jahrzehnt, verdankt sein Leben Kiritsugu Emiya. Kiritsugu rettete ihn, indem er die Scheide Avalon in seinen Körper einpflanzte, adoptierte ihn anschließend und prägte ihm die Philosophie ein, ein "Held der Gerechtigkeit" zu werden. Dieses Ideal, das in Shirous Überlebensschuld und verzerrtem Selbstwertgefühl verwurzelt ist, äußert sich als ein selbstopfernder Antrieb, andere über sich selbst zu stellen. Kiritsugu vermittelte ihm unvollständige und gefährliche Grundlagen der Magie. Shirou spezialisiert sich auf Strukturanalyse und Projektionsmagie und besitzt eine Elementaraffinität für "Schwert". Obwohl seine Magiekreise durchschnittlich sind, ermöglichen sein einzigartiger Ursprung und seine Ausrichtung außergewöhnliche Fähigkeiten im Nachbilden und Projizieren von Klingenwaffen, ein Talent, das er durch das Reparieren von Gegenständen verfeinerte. Als Meister von Saber im Fünften Heiligen Gralkrieg verlagert sich Shirous Fokus darauf, seine Adoptivschwester Sakura Matou zu beschützen, nachdem Saber von einem Schatten verschlungen wird. Obwohl er als Meister praktisch ausgeschieden ist, kämpft er weiter. Er entdeckt, dass Sakura Riders wahre Meisterin ist, infiziert mit Crest Worms von ihrem Großvater Zouken Matou. Die Würmer entziehen ihr Mana und verursachen körperliche und psychische Qualen. Vor der Wahl, entweder alle zu retten oder Sakura zu priorisieren, verwirft Shirou sein Heldenideal, um sie zu beschützen, und verspricht, sie niemals zu verraten. Dies belastet seine Beziehung zu Rin Tohsaka, Sakuras leiblicher Schwester, obwohl sie sich später mit Illyasviel von Einzbern verbünden, nachdem sie ihre Diener verloren haben. Archer rettet Shirous Leben, indem er seinen eigenen Arm abtrennt, der auf Shirou transplantiert wird. Der Arm bleibt mit heiligem Tuch versiegelt, da die Macht Archers ihn überwältigen könnte. Während Shirou sich an den Arm gewöhnt und sich Rin nähert, verstärkt sich Sakuras Eifersucht, was in einem romantischen Bekenntnis ihrer Gefühle gipfelt. Sakuras Verbindung zum Schatten vertieft sich; sie tötet im Schlafwandeln unwissentlich Menschen. Nachdem Gilgamesh sie angreift, verschlingt der Schatten ihn. Illya enthüllt, dass Sakura der Gefäß des Heiligen Grals ist. Zouken bestätigt, dass der Schatten von ihr ausgeht, und schlägt vor, sie zu töten sei die einzige Lösung, doch Shirou lehnt ab. Sakura kehrt zum Anwesen der Matous zurück, um Shirou zu beschützen, wo ihr Bruder Shinji versucht, sie zu misshandeln. In Panik tötet Sakura Shinji, was ihre vollständige Verwandlung in Dark Sakura auslöst, als der Schatten mit ihrem Körper verschmilzt. Dies markiert den Höhepunkt von Shirous Entscheidung, sie um jeden Preis zu beschützen. Shirous Weg durch die Heaven's Feel-Handlung zeigt seinen Wandel von starrer Idealisierung hin zu einer persönlichen Hingabe für Sakura. Sein Hintergrund als Waise mit Überlebensschuld und Kiritsugus Einfluss bleiben grundlegend, selbst als er Kiritsugus Ideal aufgibt. Die körperliche Belastung durch Archers Arm und der emotionale Tribut von Sakuras Verwandlung definieren seine Rolle.