Jonathan ist ein androider Butler, der von Rex Owens Eltern, Dr. Ancient und Mrs. Cretacia, erschaffen wurde, um ihrer Familie zu dienen und insbesondere ihren Sohn Rex zu beschützen. Vor den Ereignissen der Serie assistierte Jonathan den Ancients an Bord ihres Zeitschiffs, der Backlander, während einer Mission in die Kreidezeit. Als Rex geboren wurde, wurde Jonathan damit beauftragt, den Säugling zu bewachen. Während einer Konfrontation mit dem bösartigen Dr. Z wurden Jonathan und die Familie Ancient jedoch in einem Zeitstrudel getrennt, wodurch der Androide in die ferne Vergangenheit geschleudert wurde und für einen beträchtlichen Zeitraum sein Gedächtnis und seine Funktionalität verlor.

Während der ersten Staffel erscheint Jonathan in einem beschädigten und fehlerhaften Zustand und dient hauptsächlich als Hintergrundgag. Mit auf dem Kopf stehendem Kopf verrichtet er verschiedene Gelegenheitsjobs auf der ganzen Welt und tritt als Flugzeugpilot, Reiseleiter, Tänzer, Koch und Zugführer auf. In diesen Auftritten führt sein beschädigter Zustand zu einer inkonsistenten und unberechenbaren Persönlichkeit, die von ahnungslos und freundlich bis hin zu stolz reicht. In dieser Zeit spürt ihn der Bösewicht Seth auf, um wichtige Daten aus seinen Speicherbänken zu extrahieren, und lässt Jonathan wehrlos zurück. Nachdem er das D-Team vor einem Dinosaurierangriff beschützt hat, wird er ins D-Lab gebracht, wo er repariert wird. Nachdem sein Kopf wieder in die richtige Position gebracht wurde, beginnt er, seine Erinnerungen wiederzuerlangen, und enthüllt entscheidende Informationen über die Zukunft und die wahre Natur der Dinosaurierkarten.

In der zweiten Staffel, bekannt als Mesozoic Meltdown, ist Jonathan vollständig repariert und übernimmt eine kritischere Rolle in der Geschichte. Seine Kernmotivation ist seine unerschütterliche Loyalität gegenüber seinen Schöpfern und seine Programmierung, Rex zu beschützen. Er dient dem D-Team und sogar ihren ehemaligen Rivalen, der Alpha Gang, indem er die Backlander durch die Zeit steuert. Seine Hauptfunktion besteht darin, durch verschiedene Epochen zu navigieren, von der Kreidezeit bis zu verschiedenen historischen Schauplätzen, während die Gruppe die Kosmossteine verfolgt und gegen die Spektral-Weltraumpiraten kämpft. Obwohl seine persönliche Beteiligung an der Geschichte im Vergleich zu seiner zentralen Rolle am Ende der ersten Staffel abnimmt, ist seine Fähigkeit, das Zeitschiff zu bedienen, für die gesamte Handlung unerlässlich, da sie den Rahmen für die episodischen Abenteuer der Gruppe durch die Geschichte bietet.

Jonathans wichtigste Beziehungen werden durch seine ursprüngliche Programmierung definiert. Er ist seinen Herren, Rex und den Ancients, äußerst loyal und befolgt ihre Befehle ohne Frage, selbst wenn diese Anordnungen mit seinen persönlichen Wünschen in Konflikt geraten, wie etwa wenn er in einem kritischen Moment Dr. Ancients Anweisung über Rex' Wünsche befolgt. Er fungiert als engagierter Beschützer und Ressource für Rex und seine Freunde. Seine Entwicklung im Laufe der Serie ist bedeutend: Er wandelt sich von einer kaputten, komischen und fast nutzlosen Figur zu einem kompetenten, zuverlässigen und mächtigen Beschützer. Im Finale der ersten Staffel demonstriert er bemerkenswerte Fähigkeiten, darunter übermenschliche Stärke und Beweglichkeit, die ausreichen, um fortschrittliche Roboter und Dinosaurier zu bekämpfen. Er zeigt auch extreme Haltbarkeit, die es ihm ermöglicht, mächtige Dinosaurierangriffe wie Fire Scorcher und Volcano Burst zu überstehen und danach für kurze Zeit betriebsfähig zu bleiben. In der zweiten Staffel werden diese Fähigkeiten größtenteils für den Betrieb und die Reparatur des komplexen Zeitreiseschiffs eingesetzt, was seine Rolle als unverzichtbarer Mechaniker und Pilot des Teams festigt.