Zouken Matou, ursprünglich Makiri Zolgen, führte die Zolgen-Magierfamilie, die vor über fünf Jahrhunderten aus Russland verbannt worden war. Er ließ sich in Japan nieder, nahm den Namen Makiri an, bevor er zu "Matou" wechselte. Zusammen mit Justeaze Lizrich von Einzbern und Nagato Tohsaka etablierte er das Fuyuki Holy Grail War-System und entwarf persönlich das Master-Servant-Framework und die Command Seals. Sein ursprüngliches Ziel war idealistisch: menschliches Leid auszulöschen und die "Wurzel" durch die Kraft des Grals zu erreichen. Er verehrte Justeaze, die sich opferte, um zum Kern des Grals zu werden, und schwor, sie zu ehren, indem er die Vollendung des Grals miterlebte. Jahrhunderte des Scheiterns der Grailkriege und sein eigener körperlicher Verfall zersetzten diese Ideale. Zouken verlängerte sein Leben mit parasitären Crest Worms und vergaß schließlich seinen ursprünglichen Zweck, fixiert allein auf Unsterblichkeit. Angesichts der schwächer werdenden Matou-Blutlinie und schwindender magischer Erben wandte Zouken brutale Methoden an, um den Magierstatus der Familie zu bewahren. Er adoptierte Sakura Tohsaka, nachdem ihr Vater ihre Schwester Rin als alleinige Erbin bestimmt hatte. Zouken unterzog Sakura jahrelanger Folter, implantierte Crest Worms, um ihre Magiekreise gewaltsam zu entwickeln und sie zu einem Gefäß für den korrumpierten Geist des Grals, Angra Mainyu, zu formen. Dies beinhaltete tägliches Eintauchen in eine Grube voller fressender Insekten, Vergiftung ihres Essens, um Schmerzen zuzufügen, und systematischen Missbrauch, um ihren Willen zu brechen. Er manipulierte seine eigenen Nachkommen: verspottete Shinji Matou wegen mangelnder Magie, nutzte Byakuya Matous Passivität aus und zwang Byakuyas Bruder, Kariya Matou, in den Vierten Heiligen Gralkrieg. Zouken implantierte Kariya fleischfressende Crest Worms im Austausch für Macht und versprach Sakuras Freiheit, falls Kariya den Gral gewänne – ein Versprechen, das er nie zu halten beabsichtigte. Nach dem Ende des Vierten Krieges sammelte er Gralfragmente und implantierte sie in Sakura, wodurch sie zu einem unvollständigen Kleineren Gral wurde. Während des Fünften Heiligen Gralkrieges beobachtete Zouken zunächst und ließ Shinji als Riders Meister agieren. Nachdem Shinjis Inkompetenz Riders Niederlage verursacht hatte, griff Zouken direkt ein. Mit den Überresten des besiegten Assassinen beschwor er den "Wahren Assassinen" und wurde ein aktiver Meister. Er nutzte Sakuras Verbindung zur Korruption des Grals aus, die sich als tödlicher "Schatten" manifestierte, der Diener und Zivilisten verschlang, um ihre Verwandlung in das Gralgefäß zu befeuern. Sakuras Abstieg in den Wahnsinn, angetrieben durch den Schatten und ihre Qual über Shirou Emiyas Schutz, trieb ihre Rebellion gegen Zouken an. Beim Versuch, ihren Körper zu besitzen, indem er sich durch seine Crest Worms mit ihr vereinte, wurde er gewaltsam ausgestoßen, als sie seinen Kernwurm zerdrückte. Sein letzter Rest, ein einsamer Wurm, suchte während des Höhepunkts des Krieges nach dem Gral. Bei der Begegnung mit Illyasviel von Einzbern, die das "Kleid des Himmels" trug – eine Erinnerung an Justeazes Opfer – kehrten seine lange verlorenen Erinnerungen zurück. Er erinnerte sich an seine ursprüngliche Liebe zu Justeaze und den Traum von der Rettung der Menschheit, verwarf sein Streben nach Unsterblichkeit und akzeptierte friedlich den Tod. In Nicht-Heaven's Feel-Zeitlinien (Fate und Unlimited Blade Works-Routen) ist Zoukens Beteiligung minimal. Spekulationen deuten darauf hin, dass er möglicherweise von Kirei Kotomine oder Gilgamesh getötet wurde, um Störungen im Gralkrieg zu verhindern, doch dies bleibt unbestätigt.