Sakura Matou, ursprünglich Sakura Tohsaka, ist Rin Tohsakas leibliche jüngere Schwester und die Tochter von Tokiomi Tohsaka und Aoi Zenjou. Gemäß den Traditionen der Magier, die das Erbe beschränken, gab Tokiomi sie zur Adoption an die verbündete Matou-Familie. Der Patriarch Zouken Matou wollte sie als Erbin ausbilden, da sein Enkel Shinji Matou keine Magiebahnen besaß, und unterwarf Sakura jahrelanger physischer und psychischer Qual. Zouken implantierte ihr parasitäre Crest Worms, die ihre Haarfarbe von Schwarzbraun und ihre Augenfarbe von Türkis zu Violett veränderten. Diese Würmer entzogen ihr Mana und verstärkten ihre fleischlichen Triebe und sexuelle Erregung. Aus Groll über ihren Status begann Shinji später, sie regelmäßig zu vergewaltigen. Dieses Leiden machte sie emotional zurückgezogen und nährte tiefen Hass auf Zouken, Tokiomi für ihre Verstoßung und Rin für ihre Rettungsversuche. Der einzige positive Einfluss war ihr Adoptivonkel Kariya Matou, der starb, als er den Vierten Heiligen Gral-Krieg gewinnen wollte, um sie zu befreien; Sakura deutete seinen Tod fälschlicherweise als Warnung, sich Zouken nicht zu widersetzen.
Ihr Leben änderte sich, als sie Shirou Emiya beim Leichtathletiktraining beharrlich einen Hochsprung versuchen sah. Inspiriert trat sie dem Bogenschützenclub bei, um ihn zu beobachten. Zwei Jahre vor dem Fünften Heiligen Gral-Krieg bot sie Shirou nach einer Verletzung Hilfe bei den Hausarbeiten an. Dies wurde zur Routine, und ihre häufigen Besuche im Emiya-Haushalt führten zu einer tiefen, besitzergreifenden romantischen Bindung. Ihre Persönlichkeit kontrastiert stark: In Shirous und Taiga Fujimuras Gegenwart wirkt sie sanft und fröhlich, anderswo jedoch schweigsam und unterwürfig. Sie verbirgt wichtiges Wissen, wie Shirous Status als Magier, um ihre Beziehung zu erhalten. Körperlich hat sie eine üppige Figur mit großen Brüsten, was sie peinlich findet. Ihre Kleidung umfasst typischerweise eine pinke Schleife, die Rin ihr in der Kindheit schenkte, ihre Homurahara-Akademie-Schuluniform und lässige Kleidung wie einen pinken Cardigan, ein weißes Oberteil und einen cremefarbenen Rock.
In der Heaven's-Feel-Route steht sie im Mittelpunkt. Sie ist die wahre Meisterin von Rider, übertrug Shinji jedoch via Command Spell das Kommando, da sie nicht kämpfen wollte. Ihre seltene Magieaffinität für "Imaginäre Zahlen" ermöglicht Schattenmanipulation. Entscheidend ist, dass ihr Körper nach Zoukens Implantation eines Fragments des korrumpierten Heiligen Grals aus dem vorherigen Krieg als "Schwarzer Gral" fungiert. Diese Verbindung manifestiert sich als "Der Schatten", eine gefräßige Entität, die mit Angra Mainyu (All das Böse der Welt) verbunden ist und beim Schlafen auftaucht, um Menschen zu verschlingen und Energie zu sammeln. Die Crest Worms verstärken ihre psychische Instabilität und Eifersucht auf Frauen in Shirous Nähe, besonders Rin und Saber. Ihr Geschmacksinn verschlechtert sich, was ihr Kochen beeinträchtigt. Nachdem Shinji ihr ein Mana-störendes Elixier gewaltsam verabreicht, verliert sie die Kontrolle, was zu einer Konfrontation führt, in der Rin ihre Schwesterschaft bestätigt. Shirou, der von ihrer Rolle als Gralgefäß und ihrem Missbrauch erfährt, verwirft sein Ideal, ein "Held der Gerechtigkeit" zu werden, um sie allein zu beschützen. Ihre körperliche Beziehung intensiviert sich, teilweise aufgrund der Crest Worms.
Der Film *Heaven's Feel II. lost butterfly* zeigt entscheidende Entwicklungen. Während eines nächtlichen Vorfalls verschlingt der Schatten Zivilisten und besiegt Gilgamesh. Sakura regeneriert sich nach einer Verletzung durch Gilgamesh, indem sie mit dem Schatten verschmilzt. Shirou entdeckt ihre Verbindung, kann sie aber trotz Zoukens Aufforderung nicht töten. Nach Shinjis erneuter Vergewaltigungsversuch im Matou-Anwesen tötet sie ihn versehentlich in Notwehr. Entsetzt wird sie zur "Dunklen Sakura", als der Schatten sie vollständig besitzt. Diese Adaption betont ihre Reue über Shinjis Tod vor der Übernahme. Optisch hat Dunkle Sakura weißes Haar, rote Augen, eine violette Schleife und ein schwarzes Kleid mit roten Markierungen.
Ihr Charakterbogen löst sich unterschiedlich. Im True End des Visual Novels zerstört Shirou Angra Mainyu mit Illyas Hilfe und befreit Sakura. Sie lebt friedlich mit Shirou und Rider und wird später Bogenschützenclubkapitän. Im Normal End opfert sich Shirou; Sakura wartet Jahrzehnte auf seine Rückkehr, hält den Emiya-Haushalt bis zu ihrem Tod auf und sieht ihn im Jenseits wieder. In *Fate/hollow ataraxia* zeigt sie als Clubkapitänin und Matou-Chefin mehr Selbstbewusstsein, bleibt aber eifersüchtig auf andere Frauen und zeigt gelegentlich dunkle Züge als Comedy-Element. Sie pflegt auch einen Kirschbaum, der ihr Wachstum symbolisiert. In Spin-offs wie *Fate/kaleid liner Prisma Illya 3rei!!* und *Oath Under Snow* gibt es Varianten wie eine ferngesteuerte Puppe und eine Teilnehmerin eines Parallel-Gral-Kriegs, die Shirou verschont, aber von Shinji getötet wird. In *Fate/Grand Order* erscheint sie als Lancer-class Servant, besessen von der Göttin Parvati.