Fujimoto, ein einst menschlicher Meereszauberer, dient als Hüter des Ozeans von seinem Unterwasser-Hafenheim aus, wo er mit seinen vielen Töchtern lebt. Mit der Aufgabe, das marine Gleichgewicht wiederherzustellen, bekämpft er die menschliche Verschmutzung mit seit 1907 verfeinerten Tränken und Elixieren. Mit einer stattlichen Größe von 196 cm und schlanker Statur ist er eine auffällige Erscheinung mit langem karminrotem Haar, türkisfarbenen Augen und einzigartigen Merkmalen – azurblauen Schatten unter den Augen und rosigen Wangenstreifen. Seine extravagante Garderobe umfasst Nadelstreifenanzüge, eine magentaene Krawatte und einen dunkelmagentaenen Mantel, der mit goldenen Verschlüssen befestigt ist. Als überfürsorglicher Vater von Ponyo und ihren Schwestern speist sich Fujimotos Misstrauen gegenüber der Menschheit aus seinem Wunsch, den Ozean in seinen Urzustand zurückzuversetzen, eine Mission, die in seiner eigenen menschlichen Vergangenheit verwurzelt ist. Seine Konflikte mit Ponyo eskalieren, als sie an die Oberfläche flieht und sich seinen isolationistischen Idealen widersetzt. Obwohl streng, bleibt seine Liebe zu seinen Töchtern bestehen, getrübt durch die Abwesenheit seiner Frau Granmamare, der Meeresgöttin, deren göttliche Pflichten sie fernhalten. Begabt im Brauen von belebenden Tränken, dem Beschwören von Wassergeistern zur Überwachung und dem Erschaffen schützender Blasen, wird Fujimotos Magie von der göttlichen Macht seiner Töchter überschattet. Landausflüge erfordern einen Meerwasserbefeuchter, um seiner Anfälligkeit für Dehydrierung entgegenzuwirken. Bei der Rückholung Ponyos entsendet er Wassergeister und konfrontiert Sōsukes Familie, vermeidet jedoch Gewalt und setzt auf Einschüchterung statt Schaden. Seine starre Weltanschauung gerät ins Wanken, nachdem Granmamare eingreift und einen Test für Ponyos Zukunft vorschlägt. Anfangs zweifelt Fujimoto an Sōsukes Fähigkeit, Ponyo bedingungslos zu lieben, akzeptiert aber widerwillig den Entschluss des Jungen und erlaubt Ponyos Übergang zur Menschlichkeit. Diese Entwicklung zeigt seine verborgene Zärtlichkeit unter dem ökologischen Eifer. Begegnungen mit Oberflächenbewohnern, wie älteren Bewohnern eines Pflegeheims, offenbaren weiterhin sein Maß an Geduld und unerwarteter Höflichkeit, was sein barsches Äußeres komplexer macht.