Natsume Amano ist eine dreizehnjährige Mittelschülerin, die zur zentralen menschlichen Protagonistin der Geschichte wird. Sie ist die Tochter von Keita Amano, dem ursprünglichen Träger der Yo-kai-Uhr, und seiner Frau Fumika. Als Natsume klein war, wäre sie in einem Fluss fast ertrunken und wurde auf mysteriöse Weise von einer Gestalt gerettet, die sie nicht erkannte – ein Ereignis, das ihr einen schlüsselförmigen Talisman hinterlässt, den sie sehr schätzt. Zu Beginn der Erzählung zeigt sie eine natürlich hilfsbereite und selbstlose Persönlichkeit, indem sie anhält, um ein ertrinkendes Kind zu retten, selbst während seltsame Ereignisse um sie herum geschehen. Sie wird als fürsorgliches und reinherziges Mädchen beschrieben, das Menschen in Not nicht ignorieren kann, und sie wird von der Yo-kai-Uhr Elda ausgewählt, einer neuen Uhr, die ihren Träger eigenständig wählt. Diese Uhr wird ihr von Whisper gegeben, der Kandidaten getestet hat, um die Ausbreitung des Onimaro-Virus zu bekämpfen. Mit der Elda kann Natsume Yo-kai durch Gegenstände namens Yo-kai-Arks beschwören und sie zwischen ihren standardmäßigen Lightside-Formen und ihren aggressiveren Shadowside-Formen verwandeln, die für den Kampf geeignet sind. Ihre anfängliche Motivation ist es, ihre Familie und Gemeinschaft zu schützen, nachdem die Onimaro ihre eigene Mutter und ihren jüngeren Bruder infizieren und sie in Kaodeka Oni verwandeln. Später übernimmt sie eine größere Mission, um den Oni-König Rasen und den Anführer der Onimaro daran zu hindern, das Gleichgewicht zwischen der Menschenwelt und der Yo-kai-Welt zu zerstören. Im Verlauf des Films schließt sie wichtige Bündnisse mit ihren beiden Hauptverbündeten: Touma Tsukinami, einem Klassenkameraden, der sich zunächst aufgrund seiner Einsamkeit mit den Onimaro verbündet, aber von Natsume erlöst und befreundet wird, und Akinori Arihoshi, einem jungen Schamanen in Ausbildung, der Fachwissen über übernatürliche Angelegenheiten bietet. Gemeinsam mit ihnen arbeitet sie daran, Touma von der Kontrolle der Onimaro zu befreien und stellt sich schließlich Rasen. Während des finalen Kampfes wird sie ins Meer geworfen, aber ihr Talisman entpuppt sich als ein Yo-kai-Ark, der Seiryuu beschwört, denselben Yo-kai, der sie als Kind gerettet hat. Mit Seiryuu und anderen Yo-kai, die sie beschwört, hilft sie, Rasens Rüstung zu brechen, sodass Touma den entscheidenden Schlag ausführen kann. Natsumes persönliche Entwicklung besteht darin, von einem gewöhnlichen, wenn auch mutigen Schulmädchen zu einer entschlossenen Kämpferin heranzuwachsen, die ihre Rolle als Trägerin der Elda akzeptiert. Sie versteht auch, dass ihre Verbindung zur Yo-kai-Welt tiefer geht, als sie wusste, da spätere Enthüllungen in der breiteren Shadowside-Serie sie mit einer früheren Inkarnation namens Shuka in Verbindung bringen. Was ihre Fähigkeiten betrifft, so ist ihre Hauptkraft die Yo-kai-Uhr Elda, die es ihr ermöglicht, Yo-kai-Arks zu aktivieren und eine Vielzahl von Yo-kai im Kampf zu befehligen. Sie kann sie zwischen Lightside- und Shadowside-Formen wechseln, um sich an verschiedene Kampfsituationen anzupassen. Ihre natürliche Empathie und Entschlossenheit machen sie zu einer effektiven Anführerin unter ihren Altersgenossen, auch wenn sie auf die Stärke der Yo-kai angewiesen ist, mit denen sie sich anfreundet.