Nagisa Saito ist eine teilzeitbeschäftigte Gymnasiastin im Restaurant Lemon Beach House mit sonnengebräunter Haut, kurzem indigoblauen Haar und grauen Augen. Sie trägt meist die Uniform des Restaurants. Als begeisterte Surferin fährt sie auch gerne Fahrrad und springt Seil, in ihrer Freizeit schaut sie Magical-Girl- und Tokusatsu-Serien. Ihre ältere Schwester, Aiko Saitō, debütierte vor Nagisa im Manga, obwohl Nagisa in der Anime-Adaption zuerst auftrat. Ihre Freunde Koike und Yamada werden später im Manga eingeführt und besuchen Lemon erstmals in Kapitel 364. Nagisa fällt durch ihre ausgeprägte Angst vor Ika Musume auf, die sie als echte Bedrohung für die Menschheit betrachtet. Dies steht im starken Kontrast zu anderen, die Ikas Invasionsansprüche abtun. Ika Musume neckt sie häufig, was Nagisas Angst verstärkt. Nagisa versucht verschiedene Strategien, um Ikas Aufmerksamkeit zu verringern. Sie verkleidet sich kurzzeitig als Junge, kämmt sich die Haare nach hinten, um weibliche Kundinnen anzuziehen, gibt die Taktik jedoch auf, als sie beschließt, Ika persönlich als Invasorin anerkennen zu müssen. Später versucht sie, so zu tun, als hätte sie keine Angst vor Ika, was vorübergehend funktioniert, bis Situationen mit Körperkontakt – wie Händeschütteln mit Ika – sie in panische Flucht schlagen. Ihre Angst löst manchmal körperliche Reaktionen aus, etwa wenn sie Ika nach einer unerwarteten Umarmung angreift. In Lemon betrachtet Nagisa ihre Kolleginnen Eiko und Chizuru Aizawa mit Skepsis, weil sie Ika Musume normal behandeln, was sie in ihren Befürchtungen isoliert. Dennoch bleibt sie eine engagierte Angestellte und arbeitet mit ihnen im Restaurantbetrieb zusammen. Im Laufe der Serie entwickelt sich ihre anfänglich lähmende Angst zu vorsichtigen Interaktionen, auch wenn sie weiterhin mit ihrer Phobie kämpft. Momente wie ihre „A-Cup-Angst“ während ihrer Crossdressing-Phase – als Chizuru ihr empfiehlt, ihren Busen zu binden – unterstreichen ihre Verletzlichkeit. Ihr Charakter bleibt in diesem konsistenten Entwicklungsbogen, in dem sie ihre Angst bewältigt, während sie ihre Rolle erfüllt.