Pandora gehörte zur wohlhabenden deutschen Familie Heinstein. Als Kind entdeckte sie bei der Erkundung eines verfallenen Gebäudes auf dem Anwesen eine versiegelte Kiste mit Athenas Siegel. Von Neugier getrieben, öffnete sie sie und befreite die Zwillingsgötter Hypnos und Thanatos. Diese offenbarten, dass Hades als ihr Bruder wiedergeboren werden und sie ihn bis zur finalen Schlacht beschützen solle, wofür sie ewiges Leben erhielte. Bei Hades’ Geburt löschte sein defensiver Kosmos alles Leben auf Schloss Heinstein außer Pandora aus und verwandelte das Anwesen in einen Ort des Todes. Sie widmete sich fortan der Suche und dem Schutz von Hades’ Reinkarnation.
Jahre später traf Pandora in einer regnerischen Tokioter Nacht auf den jungen Ikki, der seinen Bruder Shun als Baby hielt. Sie erklärte Shun zum auserwählten Gefäß für Hades, stieß jedoch auf Ikkis erbitterten Widerstand, trotz Folter. Da sie Shun nicht töten konnte, legte sie ihm ein Amulett mit der Aufschrift „Yours to keep“ um, das Hades’ Seele dauerhaft an Shuns Körper band. Sie löschte Ikkis Erinnerung daran, sodass er das Amulett für ein Andenken seiner Mutter hielt.
Als Hades’ Kommandantin führte Pandora die Specter während des Angriffs auf Athenas Sanctuary. Sie forderte strikte Loyalität, etwa als sie Wyvern Radamanthys folterte, weil er Specter aussandte, um wiederbelebte Gold Saints zu beobachten. Hades schenkte ihr ein Halsband, das Reisen zwischen Welten wie der der Lebenden, dem Unterwelt (Meikai) und Elysion ermöglichte. Lange Dienstzeit raubte ihr die Fähigkeit, Farben zu sehen – ihre Welt wurde monochrom.
Während des Sanctuary-Konflikts konfrontierte Pandora Phönix Ikki im Meikai. Beeindruckt von seinem Willen, gab sie ihm ihr Halsband, damit er lebend Elysion erreichte. Dies stellte ihre Farbwahrnehmung wieder her, doch Thanatos verurteilte es als Verrat und tötete sie mit göttlicher Macht. Sie starb in Ikkis Armen.
Im Spin-off *The Lost Canvas* (18. Jahrhundert) zeigte Pandora hysterischere Paranoia in ihrer Hingabe zu Hades. Von Hypnos und Thanatos manipuliert, sperrte sie Hades ein, um ihn auf das „Lost Canvas“ – ein Gemälde, das den Tod bringen sollte – zu fokussieren. Als sie erfuhr, dass nicht Hades, sondern Alone ihr Begleiter gewesen war, brach sie zusammen. Von Hass auf Alone getrieben, mobilisierte sie Hades’ Armee und bestrafte Widerstand grausam, etwa mit ihrer „Noble Venom“-Technik gegen Harpy Valentine.
Ihr Backstory enthüllte eine tragische Verbindung zu Pegasus Tenma: Pandoras Kindheitsfreundin Partita wurde auf ihren Befehl hin getötet, nachdem sie diese fälschlich des Diebstahls von Hades’ Seele bezichtigt hatte. Jahre später verletzte Partita – nun ein Specter – Pandora tödlich im Kampf. Tenma schützte sie vor einem zweiten Angriff, und sterbend sah sie ihren Kampf. Später erholte sie sich und suchte Alone.
Pandora besaß einen göttlichen Kosmos, aber wenig physische Stärke. Ihre Waffen umfassten einen Stab (oder Dreizack) mit energiereichen Schüssen, die Gold Cloths zertrümmern konnten, eine Harfe, deren Musik Qual verursachte, und einen Ring, der Schlangen zur Fesselung materialisierte. Sie teleportierte sich mit nahezu Lichtgeschwindigkeit. Ihre Kräfte stammten größtenteils von Artefakten der Zwillinge, wie dem dimensionalen Halsband oder dem Schlangenring.
Ihre Figur basiert auf der griechischen Pandora: Ihre Neugier befreite Hypnos und Thanatos, die sie quälten. Die Gabe des Halsbands an Ikki kehrt den Mythos um, wo Pandora Gaben empfängt. Ihr Farbverlust könnte Anspielungen auf Filme wie *Tomb Raider: The Cradle of Life* sein, wo Pandoras Sicht Leid bringt.