Rafflesia ist die Königin und oberste Anführerin der Mazone, der außerirdischen Rasse, die als Hauptgegnerin in Space Pirate Captain Harlock dient. Sie regiert das Mazone-Imperium mit absoluter Autorität und befehligt die riesige Flotte von zivilen und militärischen Schiffen, die ihr Volk durch den Weltraum trägt.

Die Mazone sind eine organische, pflanzenbasierte Rasse humanoider Frauen, deren Heimatwelt zerstört wurde. Nach einer langen Zeit des Umherirrens führt Rafflesia sie zur Erde, einem Planeten, den ihr Volk in der mythischen Vergangenheit erforschte und den sie als ihre zweite angestammte Heimat betrachten. Als die Mazone einen Rat abhalten, um zu entscheiden, wo sie sich niederlassen sollen, schlägt sie die Erde vor, und ihre Wahl wird von ihrem Offizier Theseus bestätigt, der argumentiert, dass die Mazone die Pflicht haben, in die zweite Heimat zurückzukehren, die ihre Vorfahren für sie vorbereitet haben. Unter ihrem Kommando fallen die Mazone in die Erde ein, pflanzen eine riesige schwarze Kugel mit Mayastil-Hieroglyphen als Anspruch auf den Planeten und operieren heimlich auf der Erde, wobei sie diejenigen beseitigen, die ihre Präsenz aufdecken.

Rafflesia ist majestätisch und gnadenlos, bereit, Krieg zu führen und Menschenleben zu opfern, um eine Zukunft für ihr Volk zu sichern. Sie wird jedoch nicht als rein böse dargestellt. Sie kümmert sich aufrichtig um das Überleben der Mazone und trägt die schwere Last der Führung. Sie war einst eine weise und gütige Herrscherin, aber die verzweifelte Lage ihrer Spezies macht sie im Verlauf des Konflikts härter. Sie ist stolz und würdevoll, und sie betrachtet Harlock als den einzigen Menschen, der ihrer Aufmerksamkeit und ihres Respekts würdig ist. Ihre Haltung ihm gegenüber entwickelt sich von anfänglicher Ablehnung zu widerwilligem Respekt und schließlich zu einer persönlichen Faszination, die sie dazu bringt, ihre eigenen Methoden und den Preis für das Überleben ihres Volkes zu hinterfragen.

Ihre Hauptmotivation ist das Überleben ihres Volkes. Sie betrachtet die Invasion der Erde nicht als Eroberung um ihrer selbst willen, sondern als notwendige Migration für eine sterbende Spezies. Diese Überzeugung rechtfertigt ihre Grausamkeit in ihren eigenen Augen und macht sie auch zu einer Figur, die von Verzweiflung getrieben wird, nicht von schlichter Bosheit. Ihre sekundäre Motivation wird persönlich: sich gegen Harlock zu beweisen und ihren Glauben an kollektives Überleben gegen seine Philosophie der individuellen Freiheit zu testen.

Rafflesia ist die Hauptantagonistin der Geschichte, die absolute Anführerin der Mazone und die treibende Kraft hinter der Invasion. Anfangs betrachtet sie Harlock nicht als ernsthafte Bedrohung und rettet ihm sogar früh das Leben, eine Entscheidung, die sie später bereut. Als Harlocks Widerstand die Pläne der Mazone bedroht, widmet sie der Zerstörung seiner Person mehr Aufmerksamkeit. Sie genehmigt einen Plan, Mayu Oyama, das junge Mädchen unter Harlocks Schutz, zu entführen, um ihn in eine Falle zu locken. Sie zögert zunächst, hält eine solche Taktik für unethisch, und stimmt erst zu, als die Arcadia zu gefährlich wird, um sie zu ignorieren; diese Entscheidung verursacht Zwietracht unter den Mazone. In der Endphase der Geschichte betritt Harlock ihr Flaggschiff und stellt sich ihr direkt. Ihr letztes Duell ist sowohl ein physischer Kampf als auch ein Aufeinandertreffen der Ideologien, das ihre kollektivistische Logik gegen seinen individualistischen Kodex stellt.

Ihre Beziehung zu Harlock ist die zentrale Beziehung ihrer Figur. Sie entwickelt sich zu gegenseitigem Respekt und einer intensiven Rivalität, mit psychologischer Kriegsführung und philosophischen Debatten auf beiden Seiten. Sie sieht ihn als den einzigen Menschen, der ihrer Aufmerksamkeit würdig ist, und ihre wachsende Besessenheit von ihm schwächt ihre Gewissheit. Sie verlässt sich auf zwei Hauptoffiziere, Cleo und Theseus, die ihr als rechte Hand bei der Durchführung der Invasion dienen. Mayu Oyama wird zu einer Schachfigur in ihrem Konflikt mit Harlock, als die Mazone planen, sie als Köder zu benutzen.

Im Verlauf des Konflikts wandelt sich Rafflesia von einer selbstbewussten und berechnenden Herrscherin, die ihren Feind abtut, zu einer Anführerin, die von Harlocks Trotz erschüttert wird. Ihre wiederholten Begegnungen mit ihm zwingen sie zu hinterfragen, ob ihre Methoden und das von ihnen verursachte Leid gerechtfertigt werden können, und ihre Besessenheit von ihm destabilisiert ihre Führung. In der finalen Konfrontation wird offenbart, dass Rafflesia selbst ein Mensch ist und keine Mazone, eine Entdeckung, die ihren gesamten Kreuzzug neu rahmt. Nachdem Harlock sie in ihrem Duell besiegt, verschont er sie und erlaubt den Mazone, die Erde zu verlassen und sich anderswo niederzulassen, was ihren Handlungsbogen mit einem geretteten Volk, aber dem Ende der Ambitionen ihres Imperiums abschließt.

Rafflesia besitzt immense psychische Kräfte, die sie nutzt, um ihre Streitkräfte zu befehligen und die Gedanken anderer zu erspüren oder zu erforschen. In einer Episode versucht sie, die Gedanken von Harlocks Crew zu lesen, um die Identität eines versteckten Mitglieds der Arcadia aufzudecken. Sie übt absolute Autorität über die Mazone und ihre enorme Flotte von zivilen und militärischen Schiffen aus und koordiniert die Invasion und die Besetzung der Erde. Sie ist auch eine beeindruckende Kämpferin, die Harlock im finalen Showdown direkt mit einer Klinge duellieren kann, und sie überlebt diese Begegnung, was ihre Widerstandsfähigkeit als Anführerin unterstreicht.