Joe Takagami ist der Protagonist des Animes, ein brillanter Computerprogrammierer, der im Silicon Valley lebt und für die mächtige Rockford Corporation arbeitet. Er wird als begnadetes japanisches Computergenie beschrieben, und es wird spekuliert, dass er für seine Arbeit für den Nobelpreis in Frage kommen könnte. Sein Leben erscheint zunächst idyllisch und erfolgreich, mit einer vielversprechenden Karriere und einer Freundin.

Joes Realität beginnt jedoch zu bröckeln, als seine Freundin ihn nicht erkennt und behauptet, eine andere Person zu sein. Getrieben von Verwirrung und dem Bedürfnis nach Antworten, nutzt er seine beträchtlichen Fähigkeiten, um in ein streng geheimes Computersystem einzudringen. Diese Tat deckt eine entsetzliche Wahrheit auf: Seine Vergangenheit ist eine Erfindung, eine Reihe falscher Erinnerungen, die in seinen Geist implantiert wurden. Bald sieht er sich von bionischen Killern gejagt und von denen verraten, denen er vertraute, einschließlich seines besten Freundes, der ihn mit vorgehaltener Waffe entführt.

Joe erfährt, dass er kein normaler Mensch ist, sondern ein künstlicher Mensch, ein Klon, der kaum ein Jahr alt ist. Tatsächlich ist er ein genetisches Prototyp-Experiment, das von dem Konglomerat als Schläferagent und lebende Massenvernichtungswaffe entwickelt wurde. Als ihm klar wird, dass er eine Schachfigur des Konzerns ist, der ihn erschaffen hat, weichen sein anfänglicher Schock und seine Panik einem heftigen Verlangen nach Rache. Seine Hauptmotivation verschiebt sich vom Überleben zur Zerstörung von David Rockford, dem CEO des Konzerns, der seine Existenz konstruiert hat.

Was die Persönlichkeit betrifft, wird Joe zunächst als unschuldige und ahnungslose Figur dargestellt, aber sein Erwachen ist traumatisch und gewalttätig. Die Entdeckung, dass sein ganzes Leben eine Lüge ist, löst einen vorübergehenden Zustand eines wilden, bestialischen Wesens aus, das nur aus Instinkt und Wut handelt. Es wird beschrieben, dass er für eine Zeit „völlig durchdreht“ und gewaltsam gegen seine Feinde vorgeht. Trotzdem lehnt er letztendlich seine Rolle als Waffe ab und entscheidet sich dafür, gegen seine Programmierung und den Konzern zu kämpfen, der ihn kontrollieren will.

In der Geschichte von Dark Warrior dient Joe sowohl als Gejagter als auch als Rächer. Er ist die zentrale Figur in einem Konflikt gegen die Rockford Corporation, einen Megakonzern, der die Bedrohung durch unkontrollierte genetische Manipulation darstellt. Auf seiner Reise wird er von einem jungen Mädchen namens Aya Lee Rose begleitet, das über besondere psychische Kräfte verfügt. Gemeinsam stellen sie sich den Kräften des Konzerns und bilden eine wichtige Allianz im Kampf um ihre Freiheit. Seine andere bedeutende Beziehung ist die zu seinem besten Freund Lloyd, dessen Verrat ein entscheidender Moment in Joes Verwandlung von einem friedlichen Programmierer zu einem Krieger ist. Sein Hauptgegner ist David Rockford, der Leiter des Konzerns, der als sein Schöpfer fungiert.

Joe besitzt bemerkenswerte Fähigkeiten, die sowohl intellektuell als auch physisch sind. Seine Fähigkeiten als Computer-Hacker sind außergewöhnlich und ermöglichen es ihm, Hochsicherheitssysteme zu durchbrechen. Seine bemerkenswerteste Kraft ist jedoch eine unberechenbare physische Verwandlung. Wenn sie ausgelöst wird, verwandelt er sich in eine muskulöse Form mit erschreckender physischer Stärke, die in der Lage ist, genetisch veränderte Soldaten und Androiden mühelos zu besiegen. In diesem Zustand zeigt er immense Kampfkraft und vollbringt Heldentaten wie das Zertrümmern des Schädels eines Feindes mit bloßen Händen. Im Laufe der OVA muss er lernen, die unberechenbaren und zerstörerischen Kräfte zu kontrollieren, die in ihm toben.