Thundercracker dient als Decepticon-Leutnant unter Megatron während der Unicron-Singularitätskrise und glänzt im Luftkampf mit einem Sukhoi Su-35-Jet als Alternativmodus, das er bei seiner Ankunft auf der Erde erwirbt. Mit der Aufgabe, Cyber Planet Keys zu lokalisieren und Autobot-Operationen zu sabotieren, liefert er sich häufig hochriskante Konfrontationen mit Optimus Prime und Jetfire. Während einer Mission in Colorado zielt er auf Landmine und drei menschliche Kinder ab, muss sich jedoch zurückziehen, als sein Raketenhagel gegen Optimus Primes unverletzlichen Super-Mode versagt. Seine Loyalität zu Megatron schwankt während der Zusammenarbeit mit Starscream, dessen Abtrünnigkeit auf der Suche nach dem Omega Lock interne Konflikte auslöst. Thundercracker wird auf Welten wie Gigantion eingesetzt, wo er gegen Jetfire kämpft, während er nach planetaren Cyber Planet Keys sucht. Im finalen Kampf gegen Galvatrons Schwarzes-Loch-Plan kämpft er an der Seite der Decepticon-Streitkräfte, erlebt jedoch schließlich den Untergang seines Anführers und die Wiederherstellung des Universums. Nach der Krise schließt er sich kurzzeitig den Autobots an, wird jedoch gewaltsam von Thunderblast, Ransack und Crumplezone zurückerobert, was zu seiner Verbannung auf dem Mars führt. Seine Zwiespältigkeit zwischen Loyalität und Selbstbewahrung treibt ihn dazu, sich überwältigenden Widrigkeiten zu entziehen, während er als wiederkehrende Bedrohung in entscheidenden Schlachten bestehen bleibt. Spöttisch und impulsiv, verhöhnt er Verbündete wie Megatron, vermeidet jedoch direkte Herausforderung, um Vergeltung zu entgehen. Fehlerhafte Taktiken kommen zum Vorschein, wie etwa das Ködern der Autobots mit einer Attrappe des Omega Locks, nur um allein unterlegen zu sein. Trotz dieser Fehler passt er sich im Kampf an und nutzt Cyber-Key-Upgrades, um seine Raketenangriffe zu verstärken. Sein Höhepunkt erreicht er während des gescheiterten Eroberungsversuchs der Decepticons von Cybertrons vereinten Kolonien. Vom Omega Lock gestärkt, duelliert er sich mit Optimus Prime in einem finalen Showdown, unterliegt jedoch der vereinten Autobot-Macht. Gestrandet auf dem Mars mit übrig gebliebenen Decepticon-Überresten, endet seine Geschichte ungelöst und bleibt als Überbleibsel der zerbrochenen Ambitionen der Fraktion zurück.